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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002211

染色体: Chr04 坐标: 35785256-35792216 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002211
名称SmilChr04G002211
描述methyl-CpG-binding domain-containing protein 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向35785256 - 35792216 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021360
GeneID131021360
locus_tag-
NCBI NameLOC131021360
原始查询SmilChr04G002211

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methyl-CpG-binding domain-containing protein 2-like
产物methyl-CpG-binding domain-containing protein 2-like
ArabidopsisAT5G35330 (MBD02)
methyl-CPG-binding domain protein 02 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833487]
identity=63.4; qcov=0.625; evalue=6.11e-86; confidence=high
RiceOs09g0494300
-
identity=58.3; qcov=0.696; evalue=2.19e-87; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF01429 (MBD); PF07496 (zf-CW)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806503.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057806503.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806503.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806503.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806503.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:35789778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B54
Chr4:35790075 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 A2,B35,B78,C85
Chr4:35790075 AT A 1bp_deletion CDS_variant 4 A2,B35,B78,C85
Chr4:35790155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B54,C35
Chr4:35790727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr4:35791776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr4:35791795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C35
Chr4:35791804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B140,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806503.1
355 aa
N
1
178
355
zf-CW
MBD
C
PF07496 zf-CW 120-169 aa PF01429 MBD 187-249 aa
XP_057806504.1
355 aa
N
1
178
355
zf-CW
MBD
C
PF07496 zf-CW 120-169 aa PF01429 MBD 187-249 aa
XP_057806505.1
293 aa
N
1
146
293
zf-CW
MBD
C
PF07496 zf-CW 120-169 aa PF01429 MBD 187-249 aa
XP_057806506.1
293 aa
N
1
146
293
zf-CW
MBD
C
PF07496 zf-CW 120-169 aa PF01429 MBD 187-249 aa
XP_057806507.1
293 aa
N
1
146
293
zf-CW
MBD
C
PF07496 zf-CW 120-169 aa PF01429 MBD 187-249 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806503.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 120 169 2.7e-10 40.8 CW-type Zinc Finger
XP_057806503.1 Pfam PF01429 MBD Domain 187 249 7.1e-15 55.1 Methyl-CpG binding domain
XP_057806504.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 120 169 2.7e-10 40.8 CW-type Zinc Finger
XP_057806504.1 Pfam PF01429 MBD Domain 187 249 7.1e-15 55.1 Methyl-CpG binding domain
XP_057806505.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 120 169 2.3e-10 41.0 CW-type Zinc Finger
XP_057806505.1 Pfam PF01429 MBD Domain 187 249 5.3e-15 55.5 Methyl-CpG binding domain
XP_057806506.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 120 169 2.3e-10 41.0 CW-type Zinc Finger
XP_057806506.1 Pfam PF01429 MBD Domain 187 249 5.3e-15 55.5 Methyl-CpG binding domain
XP_057806507.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 120 169 2.3e-10 41.0 CW-type Zinc Finger
XP_057806507.1 Pfam PF01429 MBD Domain 187 249 5.3e-15 55.5 Methyl-CpG binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950520.1
ACTGTTCTAAAAGTTTTGCCTCGAAACCCAAATCTATTATGTAACGTATTGGAGTGTCTCTCTCCTCCCACCCTCTTCTCCTCTCTCACCCTCGCCTCTCGAGGAGAAGAAAACCTCTGCAGAAACTTCACTCTCGAAGAGACGACTACAGACTCTCATAGGATTTTGCATTTACGAATCGCATTGGAATCATGGAGTGATCGTGTTTTTGCTGTACATAATCGGGTCAGATCTCCTCAATACCCCTCAATATCAGGTGG...
XM_057950523.1
CCTCGAAACCCAAATCTATTATGTAACGTATTGGAGTGTCTCTCTCCTCCCACCCTCTTCTCCTCTCTCACCCTCGCCTCTCGAGGAGAAGAAAACCTCTGCAGAAACTTCACTCTCGAAGAGACGACTACAGACTCTCATAGGATTTTGCATTTACGAATCGCATTGGAATCATGGAGTGATCGTGTTTTTGCTGTACATAATCGGGTCAGATCTCCTCAATACCCCTCAATATCAGGTGGTGAGGAGAGAGAGCTGAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131021360
ATGGAGCCACATTCATTAAAACTTACAATCAAATTAAAAAGTGAAAAATCTGTCAACAACTCTTTGACTACTGCTGATCACCTGAGTAATGTGGGTGAGAAGTCCGGTGCCATAAATAGTTATCGTCCAGGCAGTCTGGCTGCCAATTCTCAAGATCCAGTTGACTTTAGTTCTGCAGGAGGGTTAGAAAATCATAGCAGGAAAAATGAAGAAAACCCATCTGAAATTTCTCAATACCAATTGGTGCTTTATAATCCTAC...
LOC131021360
ATGGAGCCACATTCATTAAAACTTACAATCAAATTAAAAAGTGAAAAATCTGTCAACAACTCTTTGACTACTGCTGATCACCTGAGTAATGTGGGTGAGAAGTCCGGTGCCATAAATAGTTATCGTCCAGGCAGTCTGGCTGCCAATTCTCAAGATCCAGTTGACTTTAGTTCTGCAGGAGGGTTAGAAAATCATAGCAGGAAAAATGAAGAAAACCCATCTGAAATTTCTCAATACCAATTGGTGCTTTATAATCCTAC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057806503.1
MEPHSLKLTIKLKSEKSVNNSLTTADHLSNVGEKSGAINSYRPGSLAANSQDPVDFSSAGGLENHSRKNEENPSEISQYQLVLYNPTANGSGEAEIPDPISDRPSSQRQNQKALSVGAFTVQCANCFKWRLIPTQEKYEDIREHIMEQPFVCEAGREWRPDISCDDPPDLVQDGSRLWAIDKPSIARPPPGWQRLLKFRGEGSSKFADVYYVAPSGKRLRSMVEVQRYLEEHPEYKEQGVRLSQFSFQIPRPLQENYVRK...
XP_057806504.1
MEPHSLKLTIKLKSEKSVNNSLTTADHLSNVGEKSGAINSYRPGSLAANSQDPVDFSSAGGLENHSRKNEENPSEISQYQLVLYNPTANGSGEAEIPDPISDRPSSQRQNQKALSVGAFTVQCANCFKWRLIPTQEKYEDIREHIMEQPFVCEAGREWRPDISCDDPPDLVQDGSRLWAIDKPSIARPPPGWQRLLKFRGEGSSKFADVYYVAPSGKRLRSMVEVQRYLEEHPEYKEQGVRLSQFSFQIPRPLQENYVRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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