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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002214`

染色体: Chr04 坐标: 35829269-35829811 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002214`
名称	SmilChr04G002214
描述	glycerate dehydrogenase HPR, peroxisomal-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	35829269 - 35829811 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023366`
GeneID	`131023366`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023366`
原始查询	`SmilChr04G002214`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycerate dehydrogenase HPR, peroxisomal-like
产物	glycerate dehydrogenase HPR%2C peroxisomal-like
Arabidopsis	`AT2G31610` (AT2G31610) Ribosomal protein S3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817719] identity=94.6; qcov=0.363; evalue=5.06e-18; confidence=low
Rice	`Os07g0608500` - identity=80.4; qcov=0.5; evalue=1.4e-19; confidence=low
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF00189 (Ribosomal_S3_C); PF02826 (2-Hacid_dh_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023366

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808889.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057808889.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808889.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808889.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808889.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:35829298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:35829299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,C75
`Chr4:35829335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B43,B61,B8,B80
`Chr4:35829338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,A5,B51,B52,B90
`Chr4:35829346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr4:35829371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr4:35829379`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B54,C35
`Chr4:35829412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:35829636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,C35,C61
`Chr4:35829809`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808889.1

102 aa

102

Ribosomal_S3_C

2-Hacid_dh_C

PF00189 Ribosomal_S3_C 12-52 aa PF02826 2-Hacid_dh_C 62-97 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808889.1`	Pfam	`PF00189`	Ribosomal_S3_C	Domain	12	52	2.5e-11	44.7	Ribosomal protein S3, C-terminal domain
`XP_057808889.1`	Pfam	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	Domain	62	97	7.4e-08	32.7	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952906.1
ATGGTGCCTGATTTGAACTTTTTGATTTTCAGTACATGCTATGGAGTTTTGAGATTTGTTATGGAGAATGGAGCAAAGGGTTGTGAGGTCATAGTTAGTGGGAAACTTAGGGCTCAACGGGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGAATATCACGAAGAAATCAAGGGAATCTATTTATACTTGGAATGGTGAATAAGGAGAGGCTGGGGAAGATGAAGAAGAAAGCCATCCTTATTAACTGCAGCCGAGAACCTATAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023366
ATGGTGCCTGATTTGAACTTTTTGATTTTCAGTACATGCTATGGAGTTTTGAGATTTGTTATGGAGAATGGAGCAAAGGGTTGTGAGGTCATAGTTAGTGGGAAACTTAGGGCTCAACGGGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGAATATCACGAAGAAATCAAGGGAATCTATTTATACTTGGAATGGTGAATAAGGAGAGGCTGGGGAAGATGAAGAAGAAAGCCATCCTTATTAACTGCAGCCGAGAACCTATAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808889.1
MVPDLNFLIFSTCYGVLRFVMENGAKGCEVIVSGKLRAQRAKSMKFKDGISRRNQGNLFILGMVNKERLGKMKKKAILINCSREPITDGAALVDHLRCHSPP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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