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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002240

染色体: Chr04 坐标: 36172901-36183061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002240
名称SmilChr04G002240
描述uncharacterized SmilChr04G002240
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向36172901 - 36183061 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021385
GeneID131021385
locus_tag-
NCBI NameLOC131021385
原始查询SmilChr04G002240

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841166]; symbol=AT1G47570; hit=AT1G47570; species=arabidopsis; confidence=high
产物RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841166]; symbol=AT1G47570; hit=AT1G47570; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G47570 (AT1G47570)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841166]
identity=55.4; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0175500 (OsSADR1)
-
identity=49.6; qcov=0.996; evalue=2.89e-165; confidence=high
GOGO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0007093 (mitotic cell cycle checkpoint signaling); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF17979 (zf-CRD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021385

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806536.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057806536.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806536.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806536.1
5 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057806536.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:36173217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr4:36173837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:36174797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C86
Chr4:36175665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B35,B55,C23
Chr4:36175846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr4:36175852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C29
Chr4:36177576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B56,B96,D6
Chr4:36177663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B110,C64,C66,C77
Chr4:36180907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:36180967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C23
Chr4:36180985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C29
Chr4:36181944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B76,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806536.1
462 aa
N
1
231
462
zf-RING_2
zf-C3HC4
zf-CRD
C
PF13639 zf-RING_2 133-179 aa PF00097 zf-C3HC4 134-178 aa PF17979 zf-CRD 252-414 aa
XP_057806537.1
462 aa
N
1
231
462
zf-RING_2
zf-C3HC4
zf-CRD
C
PF13639 zf-RING_2 133-179 aa PF00097 zf-C3HC4 134-178 aa PF17979 zf-CRD 252-414 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806536.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 133 179 2.2e-06 28.6 Ring finger domain
XP_057806536.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 134 178 1.8e-07 31.6 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057806536.1 Pfam PF17979 zf-CRD Domain 252 414 1e-48 166.3 Cysteine rich domain with multizinc binding regions
XP_057806537.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 133 179 2.2e-06 28.6 Ring finger domain
XP_057806537.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 134 178 1.8e-07 31.6 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057806537.1 Pfam PF17979 zf-CRD Domain 252 414 1e-48 166.3 Cysteine rich domain with multizinc binding regions

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950554.1
ATAATTTGTTAATTTTCAAAAGAAAAATTCAAATCCTTCATACGCAAGTTTTTCCCCCTCCCCTCGACTCTTTCAATACCATAAGCCCAAACATCACAGTTGAGCGCACGTTTCTGAATCAACAGAGAGATTGTTTACACGAGAATCAACAACAATGGAGAAAGGCGAAACCTCTGGCTCCAATTCTTCCAGTGATGATGTCTGGGCTAAACTAGTGCCACTGAACTCGAGCTATCCAGATATAGAATTGAGATTGAATG...
XM_057950553.1
ATAATTTGTTAATTTTCAAAAGAAAAATTCAAATCCTTCATACGCAAGTTTTTCCCCCTCCCCTCGACTCTTTCAATACCATAAGCCCAAACATCACAGTTGAGCGCACGTTTCTGAATCAACAGAGAGATTGTTTACACGAGAATCAACAACAATGGAGAAAGGCGAAACCTCTGGCTCCAATTCTTCCAGTGATGATGTCTGGGCTAAACTAGTGCCACTGAACTCGAGCTATCCAGATATAGAATTGAGATTGAATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021385
ATGGAGAAAGGCGAAACCTCTGGCTCCAATTCTTCCAGTGATGATGTCTGGGCTAAACTAGTGCCACTGAACTCGAGCTATCCAGATATAGAATTGAGATTGAATGAGGAGACAATTTGCTCAGACATAAAAACCCTTCCATGTGAACAGCAAGTATGGTGCCAGATAACTAGGGAGAAGGATCATACCTCTGCCTTAATGAAGAATAAGTGTTGTAGTTCGATCCTTGTTGATGGTGCGGTCATAAGAGAAGATGATAC...
LOC131021385
ATGGAGAAAGGCGAAACCTCTGGCTCCAATTCTTCCAGTGATGATGTCTGGGCTAAACTAGTGCCACTGAACTCGAGCTATCCAGATATAGAATTGAGATTGAATGAGGAGACAATTTGCTCAGACATAAAAACCCTTCCATGTGAACAGCAAGTATGGTGCCAGATAACTAGGGAGAAGGATCATACCTCTGCCTTAATGAAGAATAAGTGTTGTAGTTCGATCCTTGTTGATGGTGCGGTCATAAGAGAAGATGATAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806536.1
MEKGETSGSNSSSDDVWAKLVPLNSSYPDIELRLNEETICSDIKTLPCEQQVWCQITREKDHTSALMKNKCCSSILVDGAVIREDDTATIRCGSEMILGPAADGFLKYVFKVMPAKEICKKQLKITLDPEHAKCPICLNVWHDVVTAAPCLHNFCNGCFSEWLKRCQERRSSVICPQCRAVVQFVGRNHFLHGIEEDILQSDSSLRRSDAELVLLDSCSLIKSPLVVSRGRNVSHKRSRAPPAEESGRDLSCPQCGTEYG...
XP_057806537.1
MEKGETSGSNSSSDDVWAKLVPLNSSYPDIELRLNEETICSDIKTLPCEQQVWCQITREKDHTSALMKNKCCSSILVDGAVIREDDTATIRCGSEMILGPAADGFLKYVFKVMPAKEICKKQLKITLDPEHAKCPICLNVWHDVVTAAPCLHNFCNGCFSEWLKRCQERRSSVICPQCRAVVQFVGRNHFLHGIEEDILQSDSSLRRSDAELVLLDSCSLIKSPLVVSRGRNVSHKRSRAPPAEESGRDLSCPQCGTEYG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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