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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002246

染色体: Chr04 坐标: 36268283-36317039 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002246
名称SmilChr04G002246
描述uncharacterized SmilChr04G002246
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向36268283 - 36317039 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021390
GeneID131021390
locus_tag-
NCBI NameLOC131021390
原始查询SmilChr04G002246

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述At domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835283]; symbol=AT5G52070; hit=AT5G52070; species=arabidopsis; confidence=high
产物At domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835283]; symbol=AT5G52070; hit=AT5G52070; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G52070 (AT5G52070)
At domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835283]
identity=46.5; qcov=0.921; evalue=2.03e-52; confidence=high
RiceOs05g0140600
-
identity=39.5; qcov=0.961; evalue=3.14e-39; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF05641 (Agenet)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806542.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057806547.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057806547.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806543.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806543.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:36270626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:36270636 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 176 A1,A11,A13,A15,A16,A2,A22,A24,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B102,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B119,B12,B120,B122,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B38,B39,B4,B40,B43,B44,B45,B47,B48,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B80,B81,B82,B84,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C41,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C52,C53,C55,C58,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C76,C77,C78,C8,C83,C87,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D8
Chr4:36270643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:36284348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B76,C49
Chr4:36293746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:36296747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C29
Chr4:36296804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C57
Chr4:36296913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C57
Chr4:36296927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:36296961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr4:36296993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B76,C49
Chr4:36297003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806542.1
390 aa
N
1
195
390
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-91 aa
XP_057806543.1
374 aa
N
1
187
374
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-91 aa
XP_057806546.1
253 aa
N
1
126
253
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
XP_057806547.1
248 aa
N
1
124
248
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
XP_057806548.1
236 aa
N
1
118
236
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
XP_057806549.1
219 aa
N
1
110
219
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
XP_057806550.1
213 aa
N
1
106
213
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
XP_057806551.1
210 aa
N
1
105
210
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
XP_057806552.1
203 aa
N
1
102
203
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
XP_057806554.1
203 aa
N
1
102
203
Agenet
C
PF05641 Agenet 17-92 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806542.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 91 8.5e-08 33.3 Agenet domain
XP_057806543.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 91 5.6e-08 33.8 Agenet domain
XP_057806546.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 2.3e-08 35.1 Agenet domain
XP_057806547.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 2.2e-08 35.1 Agenet domain
XP_057806548.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 1.9e-08 35.4 Agenet domain
XP_057806549.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 1.4e-08 35.7 Agenet domain
XP_057806550.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 1.3e-08 35.9 Agenet domain
XP_057806551.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 1.2e-08 36.0 Agenet domain
XP_057806552.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 1.1e-08 36.1 Agenet domain
XP_057806554.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 17 92 1.1e-08 36.1 Agenet domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950561.1
TAAACACATTAGCTCAATTGTTAAGAGGGATATAGAATAAAAAAAAGACGAAATATAAAATATCCCAGCCCTCGACCCGCCTCCTTCAGCCTCAGCGCCTCCCTCCGCCGACTTTGCAGACTTGCAGTAGCAACAGTTTCCAACGCTCAATTTCCGGTATTGCAGGGATGCACATTGCTGGTTTAACTTCCATGGAGAACATACCGTTTAAAGTTGGACAACTGGCTGAATTAAGGTCCTTTTGTTCTGGTTATCGTGGT...
XM_057950562.1
TAAACACATTAGCTCAATTGTTAAGAGGGATATAGAATAAAAAAAAGACGAAATATAAAATATCCCAGCCCTCGACCCGCCTCCTTCAGCCTCAGCGCCTCCCTCCGCCGACTTTGCAGACTTGCAGTAGCAACAGTTTCCAACGCTCAATTTCCGGTATTGCAGGGATGCACATTGCTGGTTTAACTTCCATGGAGAACATACCGTTTAAAGTTGGACAACTGGCTGAATTAAGGTCCTTTTGTTCTGGTTATCGTGGT...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC131021390
ATGCACATTGCTGGTTTAACTTCCATGGAGAACATACCGTTTAAAGTTGGACAACTGGCTGAATTAAGGTCCTTTTGTTCTGGTTATCGTGGTGCGTGGTTTCGATGCAAGATTAGAGAGATCACCAAGAGAAAAGGAATACTTCATCATTTATTGGAATATTATGACTACCCGGATGAAAAATTAAGATGGACTAAGCTATATCAGATACCCCTTCATGGTAAGGGGAACACGAAAGAGAAACGTAGAGAATTAATTCT...
LOC131021390
ATGCACATTGCTGGTTTAACTTCCATGGAGAACATACCGTTTAAAGTTGGACAACTGGCTGAATTAAGGTCCTTTTGTTCTGGTTATCGTGGTGCGTGGTTTCGATGCAAGATTAGAGAGATCACCAAGAGAAAAGGAATACTTCATCATTTATTGGAATATTATGACTACCCGGATGAAAAATTAAGATGGACTAAGCTATATCAGATACCCCTTCATGGTAAGGGGAACACGAAAGAGAAACGTAGAGAATTAATTCT...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057806542.1
MHIAGLTSMENIPFKVGQLAELRSFCSGYRGAWFRCKIREITKRKGILHHLLEYYDYPDEKLRWTKLYQIPLHGKGNTKEKRRELILRPQYPTLYNEKQMPHVSEISEVIVIVCDSWKVGDLVDWMNSGCLWCGRISQVFDDQEAQIELRPPPHGEGLSYRVLLKDLRPSLDWSTAHGWTLPTQEDGTGHPCARLIKPINQGYSSSTPSRCGEDTYRHPLARLHSSNRFHASSSTRDEDYSFHYGGGLVRNHTGALLIAF...
XP_057806543.1
MHIAGLTSMENIPFKVGQLAELRSFCSGYRGAWFRCKIREITKRKGILHHLLEYYDYPDEKLRWTKLYQIPLHGKGNTKEKRRELILRPQYPTLYNEKQMPHVSEISEVIVIVCDSWKVGDLVDWMNSGCLWCGRISQVFDDQEAQIELRPPPHGEGLSYRVLLKDLRPSLDWSTAHGWTLPTQEDGTGHPCARLIKPINQGVEDVLRSVQLHVKLLLSSSETSNSTTSSEVKNTKAIDMDKRVRRTTLSTTSSEVKSTK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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