Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002259

染色体: Chr04 坐标: 36545143-36559440 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002259
名称SmilChr04G002259
描述uncharacterized SmilChr04G002259
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向36545143 - 36559440 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021402
GeneID131021402
locus_tag-
NCBI NameLOC131021402
原始查询SmilChr04G002259

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835922]; symbol=AT5G58100; hit=AT5G58100; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835922]; symbol=AT5G58100; hit=AT5G58100; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G58100 (AT5G58100)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835922]
identity=73.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0469200
-
identity=65.6; qcov=0.557; evalue=0; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF25483 (DUF7906)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021402

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057806569.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057806569.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057806569.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057806571.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806571.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:36545871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr4:36545886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr4:36545894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C77
Chr4:36546137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C23
Chr4:36547788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:36547881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,C84
Chr4:36548089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B27
Chr4:36548152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,C1,C3
Chr4:36550255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B98,C80
Chr4:36550991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr4:36551285 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B89
Chr4:36551285 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806569.1
948 aa
N
1
474
948
DUF7906
C
PF25483 DUF7906 381-429 aa
XP_057806570.1
948 aa
N
1
474
948
DUF7906
C
PF25483 DUF7906 381-429 aa
XP_057806571.1
846 aa
N
1
423
846
DUF7906
C
PF25483 DUF7906 279-327 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806569.1 Pfam PF25483 DUF7906 Domain 381 429 2.6e-17 64.1 Domain of unknown function (DUF7906)
XP_057806570.1 Pfam PF25483 DUF7906 Domain 381 429 2.6e-17 64.1 Domain of unknown function (DUF7906)
XP_057806571.1 Pfam PF25483 DUF7906 Domain 279 327 1.7e-17 64.7 Domain of unknown function (DUF7906)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950586.1
CAAAAATTAAAATGATTGTAATGACAGAAATGAGACAAAATTCCCAACCCTACGTTACATAGTTATTGGGAATTTGCTCAAGTGCGACTTTTTTACTAAACACTGATCCACTGCAGATAATTGGATCTCAACGCACCGGAGAAATTTTGGCTGGTTTTTACTGTTCTCATTCTAGTCTAGTCTTTGCATAGTCATTTCCCCCTGTAATCGCTCGCTAGCTAGTAAATCAAGATTGAATGTGGAGATCGGCTTCGATGTTT...
XM_057950587.1
TTGTAATGACAGAAATGAGACAAAATTCCCAACCCTACGTTACATAGTTATTGGGAATTTGCTCAAGTGCGACTTTTTTACTAAACACTGATCCACTGCAGATAATTGGATCTCAACGCACCGGAGAAATTTTGGCTGGTTTTTACTGTTCTCATTCTAGTCTAGTCTTTGCATAGTCATTTCCCCCTAGCTAGTAAATCAAGATTGAATGTGGAGATCGGCTTCGATGTTTGGTCCTCACATTTCTCGCGTTCTCTTCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131021402
ATGTGGAGATCGGCTTCGATGTTTGGTCCTCACATTTCTCGCGTTCTCTTCCTAACCTTGCTTTCTCTTCTGCTATTAGAGGATACGTCTAATGGGGCTCCATTTGGTAATCGTAAAAGCGGTAAATCATCGTCGTCTGTTTTCTCCTTGTTTAACCTCAAGGAGAAAAGTCGTTTCTGGAGCGAGTCTGTTATGCGAACTGGTTTTGATGATTTGGAATCATCTAACCCAAGCAAATTTGATACCGCCAACTTCACCAA...
LOC131021402
ATGTGGAGATCGGCTTCGATGTTTGGTCCTCACATTTCTCGCGTTCTCTTCCTAACCTTGCTTTCTCTTCTGCTATTAGAGGATACGTCTAATGGGGCTCCATTTGGTAATCGTAAAAGCGGTAAATCATCGTCGTCTGTTTTCTCCTTGTTTAACCTCAAGGAGAAAAGTCGTTTCTGGAGCGAGTCTGTTATGCGAACTGGTTTTGATGATTTGGAATCATCTAACCCAAGCAAATTTGATACCGCCAACTTCACCAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057806569.1
MWRSASMFGPHISRVLFLTLLSLLLLEDTSNGAPFGNRKSGKSSSSVFSLFNLKEKSRFWSESVMRTGFDDLESSNPSKFDTANFTKAGNIANYLKLLEVDSMYIPVPVNFVFIGFEGNGNQDFKLNPEELERWFTKIDHIFEHTRIPRIGEILTPFYKINIDREQRHHLPLVSHINYNFSVHAIQMGEKVTSIFERAIDVLGRRDDVSNARDDSAGLWQVDVDMISVIFSSLVEYLELEGAYNIFILNPKHDAKRPKYG...
XP_057806570.1
MWRSASMFGPHISRVLFLTLLSLLLLEDTSNGAPFGNRKSGKSSSSVFSLFNLKEKSRFWSESVMRTGFDDLESSNPSKFDTANFTKAGNIANYLKLLEVDSMYIPVPVNFVFIGFEGNGNQDFKLNPEELERWFTKIDHIFEHTRIPRIGEILTPFYKINIDREQRHHLPLVSHINYNFSVHAIQMGEKVTSIFERAIDVLGRRDDVSNARDDSAGLWQVDVDMISVIFSSLVEYLELEGAYNIFILNPKHDAKRPKYG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器