Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002299`

染色体: Chr04 坐标: 37243493-37246743 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002299`
名称	SmilChr04G002299
描述	pollen receptor-like kinase 3
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	37243493 - 37246743 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021440`
GeneID	`131021440`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021440`
原始查询	`SmilChr04G002299`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pollen receptor-like kinase 3
产物	pollen receptor-like kinase 3
Arabidopsis	`AT3G42880` (PRK3) Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823335] identity=46.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0198900` (OsRLCK202) - identity=42.7; qcov=0.975; evalue=1.9e-150; confidence=medium
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021440

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057806608.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806608.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806608.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806608.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806608.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:37243847`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B3,C13
`Chr4:37243961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:37244138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:37244416`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr4:37244651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:37246257`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B28
`Chr4:37246273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806608.1

641 aa

320

641

LRRNT_2

LRR_1

LRR_8

LRR_1

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF08263 LRRNT_2 29-67 aa PF00560 LRR_1 124-144 aa PF13855 LRR_8 124-184 aa PF00560 LRR_1 149-171 aa PF00560 LRR_1 195-215 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 369-572 aa PF00069 Pkinase 369-580 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806608.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	29	67	2e-05	25.5	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057806608.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	124	144	5.4e-14	50.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057806608.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	124	184	1.2e-14	54.5	Leucine rich repeat
`XP_057806608.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	149	171	5.4e-14	50.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057806608.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	195	215	5.4e-14	50.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057806608.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	369	572	1.2e-25	91.0	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057806608.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	369	580	3.5e-26	92.9	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950625.1
TGATCTTGACCGAAAAACATTCTTGTCCCTTTACAATATATGTCAAAGCAAGCTTAACCTCTGTTTCCACTAGGGAAAAATAGGAAATGAAAAACGAAAACTCTTGAACTTTGAGTAAAATTGTTTTTTAATTTGAGTAATATTCACTAGATTTTCCTTCACCAATCTACGTTCCATTATATCCATTTTAGTAAACGACGCCGCAGCCGTAGAATCATCATGACACATCATTCCAACCCCAAAACAAGGAAAGCTACACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021440
ATGACGACGGCGACGGCGGCCGCTGTTCGTCTTCTCATCATTCTTTCTCTTCTAACCACTTCTCTCTCCATACCCGGCGAGGACGCCCACCTCATCCAATTCAAAGCCTCGTTCAAGGATTCCTCTCCCCTCAATCCCACCTGGATCGCCGGCACCGATCCCTGCGACCGCAACCGCCCATGGCTCGGCGTCGACTGCAGCGACGCCGCCTTCCAATCAGTCTCGTCGCTGCTCCTCATAAACCTCGGCTTGTCCAATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806608.1
MTTATAAAVRLLIILSLLTTSLSIPGEDAHLIQFKASFKDSSPLNPTWIAGTDPCDRNRPWLGVDCSDAAFQSVSSLLLINLGLSNNAGGIDVQALQKLETLRILSLENNSFSGPMPQFNRLSSLKSLFLSGNNFSGEIPGDFFTSMGSLKKLELANNNFSGRIPVSLQQLDSLIEMLLQRNHFSGPVPSFQQKSLQALDLSYNNLEGEIPRSMARFPATAFEGNPSICGGATGNPCKAPATSPPLGEAIMASSATTKWV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器