Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002300`

染色体: Chr04 坐标: 37247423-37251776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002300`
名称	SmilChr04G002300
描述	uncharacterized SmilChr04G002300
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	37247423 - 37251776 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023389`
GeneID	`131023389`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023389`
原始查询	`SmilChr04G002300`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=39.5; qcov=0.12; evalue=1.36e-26; confidence=weak
Rice	`Os12g0142900` - identity=36.3; qcov=0.512; evalue=1.6e-105; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF19259 (Ty3_capsid); PF24626 (SH3_Tf2-1); PF30901 (PEG10-RTL1_C-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023389

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808911.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057808911.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808911.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808911.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808911.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:37247435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A15,A6,B11,B117,B53,B89,D11
`Chr4:37247471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B76,B95,C53
`Chr4:37247483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C21,C4,C53
`Chr4:37247485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B74
`Chr4:37247509`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	11	A11,A7,B29,B31,B36,C12,C20,C21,C30,C4,C53
`Chr4:37247517`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	25	A1,A6,B100,B104,B108,B125,B127,B22,B25,B29,B37,B45,B5,B67,B90,B92,B97,B98,C12,C15,C51,C62,C83,C87,D5
`Chr4:37247545`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A11,B125,B134,B31,B36,B43,B87,C12,C20,C69
`Chr4:37247556`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr4:37247558`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A11,A5,B125,B134,B31,B36,B41,B43,B85,B87,B89,C12,C20,C28,C4,C45,C69
`Chr4:37247569`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	17	A11,A5,B125,B134,B31,B36,B41,B43,B85,B87,B99,C12,C20,C28,C4,C45,C69
`Chr4:37247577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B95,C53
`Chr4:37247579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B95,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808911.1

1077 aa

538

1077

PEG10_N-capsid

Ty3_capsid

PEG10-RTL1_C-capsid

zf-CCHC

gag-asp_proteas

Asp_protease_2

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

SH3_Tf2-1

PF03732 PEG10_N-capsid 90-171 aa PF19259 Ty3_capsid 96-249 aa PF30901 PEG10-RTL1_C-capsid 182-236 aa PF00098 zf-CCHC 283-299 aa PF13975 gag-asp_proteas 370-455 aa PF13650 Asp_protease_2 370-456 aa PF00078 RVT_1 626-786 aa PF17919 RT_RNaseH_2 848-925 aa PF17917 RT_RNaseH 874-925 aa PF24626 SH3_Tf2-1 981-1028 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	90	171	2.3e-14	54.2	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	96	249	2.6e-08	34.3	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF30901`	PEG10-RTL1_C-capsid	Domain	182	236	1.2e-06	29.1	PEG10/RTL1, C-terminal capsid-like domain
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	283	299	5.3e-05	23.8	Zinc knuckle
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	370	455	4e-07	31.2	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	370	456	3.2e-06	28.5	Aspartyl protease
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	626	786	1.1e-38	133.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	848	925	1.3e-23	83.6	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	874	925	2.5e-13	50.8	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808911.1`	Pfam	`PF24626`	SH3_Tf2-1	Domain	981	1028	2.6e-13	50.6	Tf2-1-like, SH3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952928.1
ATGCCTCCCCGTCGACCCCCTCCAGCCGTTCAAAACGATCTTCACCGCGAGGTGGAGCGTCTGTCTCAACAATTTGAAAATTTATGCGCCCAGAATCAGGAGATTCTTAACCTGTTGCATAACGCCGCACATCGTGACGATCGTCATCATCACCGTCGCGCTCGCACACCTAACTCCGATGAGGACACAGTCACCATGGAAAACCCTTTTGCCTCCTTGGATGATGATGTCCGCGGTGATGAGAGTCGCCGTTGGGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023389
ATGCCTCCCCGTCGACCCCCTCCAGCCGTTCAAAACGATCTTCACCGCGAGGTGGAGCGTCTGTCTCAACAATTTGAAAATTTATGCGCCCAGAATCAGGAGATTCTTAACCTGTTGCATAACGCCGCACATCGTGACGATCGTCATCATCACCGTCGCGCTCGCACACCTAACTCCGATGAGGACACAGTCACCATGGAAAACCCTTTTGCCTCCTTGGATGATGATGTCCGCGGTGATGAGAGTCGCCGTTGGGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808911.1
MPPRRPPPAVQNDLHREVERLSQQFENLCAQNQEILNLLHNAAHRDDRHHHRRARTPNSDEDTVTMENPFASLDDDVRGDESRRWEAGFRLDIPEFSGESGAEAFLDWLHEVEDILDFKRVPEDRRVSLIVTRFRGRASAWWHQFKLLRQRQGKPKLTSWSKLLKHLRLEFLPFNYTRTLYQRLQNLRQGPRSVDEYSKEFHQLLARNDLSETTDQIVSRYIGGLRTPFQDSLNMFAPVSVSEAHQRALLLEQQLSRRPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器