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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002343

染色体: Chr04 坐标: 37791232-37795242 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002343
名称SmilChr04G002343
描述SUMO-conjugating enzyme SCE1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向37791232 - 37795242 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021480
GeneID131021480
locus_tag-
NCBI NameLOC131021480
原始查询SmilChr04G002343

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SUMO-conjugating enzyme SCE1
产物SUMO-conjugating enzyme SCE1
ArabidopsisAT3G57870 (SCE1)
sumo conjugation enzyme 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824956]
identity=88.8; qcov=1; evalue=9.11e-108; confidence=high
RiceOs03g0123100 (OsSce2)
-
identity=90.6; qcov=1; evalue=3.09e-112; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016925 (protein sumoylation); GO:0061656 (SUMO conjugating enzyme activity)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00179 (UQ_con)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021480

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806661.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806661.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806661.1
4 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057806662.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806661.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:37794760 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B28,C29
Chr4:37794760 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B28,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806661.1
182 aa
N
1
91
182
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 9-139 aa
XP_057806662.1
160 aa
N
1
80
160
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 9-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806661.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 9 139 1.5e-42 145.2 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057806662.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 9 152 1.8e-46 157.9 Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950679.1
ATTAAAATCTAATCTGGGCCGTCCATTTTCTCCGGCAGAATCATCCAATACAAAATTAAGCAAAAAAGAAAACGAAAAATCAAACGTCTCTCTCTCACTCTCCTTTTATTAAATGCCTCGCGGACTACTCTAAAGATTACGCCCAAGTCTCTCGTTTATTTTCTTCTTCTCAGAGAAAAGGAGGAATTTTAGGGTTCAGATAACTCTTGGAGCAGAATGTCTGGCGGAATTGCGCGCGGGCGGCTGACGGAGGAGCGAAA...
XM_057950678.1
AAAATCTAATCTGGGCCGTCCATTTTCTCCGGCAGAATCATCCAATACAAAATTAAGCAAAAAAGAAAACGAAAAATCAAACGTCTCTCTCTCACTCTCCTTTTATTAAATGCCTCGCGGACTACTCTAAAGATTACGCCCAAGTCTCTCGTTTATTTTCTTCTTCTCAGAGAAAAGGAGGAATTTTAGGGTTCAGATAACTCTTGGAGCAGAATGTCTGGCGGAATTGCGCGCGGGCGGCTGACGGAGGAGCGAAAGTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021480
ATGTCTGGCGGAATTGCGCGCGGGCGGCTGACGGAGGAGCGAAAGTCATGGCGGAAGAATCATCCACATGGTTTTGTGGCTAAGCCGGAGACTCTGCCTGATGGTACAGTGAATTTGATGGTGTGGCACTGCACGATCCCTGGTAAGGCCGGGACTGACTGGGAGGGTGGTTATTATCCACTCACGATGCACTTTAGTGAAGATTACCCGAGCAAGCCACCGAAGTGTAAATTTCCACAAGGCTTTTTCCATCCTAATGT...
LOC131021480
ATGTCTGGCGGAATTGCGCGCGGGCGGCTGACGGAGGAGCGAAAGTCATGGCGGAAGAATCATCCACATGGTTTTGTGGCTAAGCCGGAGACTCTGCCTGATGGTACAGTGAATTTGATGGTGTGGCACTGCACGATCCCTGGTAAGGCCGGGACTGACTGGGAGGGTGGTTATTATCCACTCACGATGCACTTTAGTGAAGATTACCCGAGCAAGCCACCGAAGTGTAAATTTCCACAAGGCTTTTTCCATCCTAATGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806661.1
MSGGIARGRLTEERKSWRKNHPHGFVAKPETLPDGTVNLMVWHCTIPGKAGTDWEGGYYPLTMHFSEDYPSKPPKCKFPQGFFHPNVYPSGTVCLSILNEDSGWRPAITVKQILVGIQDLLDQPNPSDPAQTEGYHMFIQVIEFFVILKLLSCSFQRFIFPLDIFPVFYVPTNSFDMDSYSY
XP_057806662.1
MSGGIARGRLTEERKSWRKNHPHGFVAKPETLPDGTVNLMVWHCTIPGKAGTDWEGGYYPLTMHFSEDYPSKPPKCKFPQGFFHPNVYPSGTVCLSILNEDSGWRPAITVKQILVGIQDLLDQPNPSDPAQTEGYHMFIQDAVEYKKRVRQQAKQYPPLV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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