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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002358

染色体: Chr04 坐标: 38067913-38069409 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002358
名称SmilChr04G002358
描述GDSL esterase/lipase 7-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向38067913 - 38069409 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023398
GeneID131023398
locus_tag-
NCBI NameLOC131023398
原始查询SmilChr04G002358

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase 7-like
产物GDSL esterase/lipase 7-like
ArabidopsisAT1G71250 (AT1G71250)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843466]
identity=42.4; qcov=0.923; evalue=2.82e-85; confidence=medium
RiceOs08g0112900 (OsGELP95)
-
identity=38.7; qcov=0.937; evalue=8.16e-77; confidence=medium
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023398

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057808922.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808922.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808922.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808922.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:38067957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:38067979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:38068144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:38068865 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C77
Chr4:38068865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:38068910 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 A18,B118,C4
Chr4:38068910 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 A18,B118,C4
Chr4:38069050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:38069196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr4:38069204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808922.1
350 aa
N
1
175
350
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 31-341 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808922.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 31 341 3.6e-36 126.0 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952939.1
ATGAAAGTTGATGTTTGGATTAATGTGGTGGTTATGATTGGTTTGTTGGCATCGAAAGCAAATGGCGGTGCTTCCAAATATACAGCAATGTATGTATTCGGAGATTCTCTATCTGACGCCGGAAACAACAAGTATTTTGTGGACACTTCAGCCAAAGCCAACTTCCTGCCTAACGGTATGGATTTTAGTAGCGGCCCCACCGGAAGATTCTGCAACGGCAAAATCATCGTAGACTTCATTGCGGAGATGGTGGGGCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023398
ATGAAAGTTGATGTTTGGATTAATGTGGTGGTTATGATTGGTTTGTTGGCATCGAAAGCAAATGGCGGTGCTTCCAAATATACAGCAATGTATGTATTCGGAGATTCTCTATCTGACGCCGGAAACAACAAGTATTTTGTGGACACTTCAGCCAAAGCCAACTTCCTGCCTAACGGTATGGATTTTAGTAGCGGCCCCACCGGAAGATTCTGCAACGGCAAAATCATCGTAGACTTCATTGCGGAGATGGTGGGGCTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808922.1
MKVDVWINVVVMIGLLASKANGGASKYTAMYVFGDSLSDAGNNKYFVDTSAKANFLPNGMDFSSGPTGRFCNGKIIVDFIAEMVGLPLLPSYADVSVKGATILYGVNYASAGAGILRDTGYRFGRVIPLEEQISKLRKTVDELKRQMQGNDEVSKYLASALVFINIGSNDYLNNYNIPKYYQSSHIYNLHQFTDLLINRYRQKILEIQGLGLRKFLISEASPIGCAPINIEKGECNATLNKMVAMFNSRVKGVVQELRSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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