当前解析结果
SmilChr04G002362| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002362 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002362 |
| 描述 | 2-oxoglutarate-Fe(II) type oxidoreductase hxnY-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 38107683 - 38113503 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021497 |
|---|---|
| GeneID | 131021497 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021497 |
| 原始查询 | SmilChr04G002362 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 2-oxoglutarate-Fe(II) type oxidoreductase hxnY-like |
| 产物 | 2-oxoglutarate-Fe(II) type oxidoreductase hxnY-like |
| Arabidopsis | AT1G35190 (AT1G35190)2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840408] identity=68.2; qcov=0.953; evalue=2.02e-161; confidence=high |
| Rice | Os01g0188100- identity=69.4; qcov=0.95; evalue=2.86e-177; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021497 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057806689.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057806689.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806689.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806689.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806689.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:38107718 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr4:38108285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,B60 |
Chr4:38108294 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr4:38108368 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B6,C63 |
Chr4:38108606 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr4:38108849 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C28 |
Chr4:38110346 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr4:38112334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C77,D11 |
Chr4:38112344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806689.1PF14226
DIOX_N 23-139 aa
PF03171
2OG-FeII_Oxy 192-292 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806689.1 |
Pfam | PF14226 |
DIOX_N | Family | 23 | 139 | 6.7e-33 | 114.5 | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
XP_057806689.1 |
Pfam | PF03171 |
2OG-FeII_Oxy | Domain | 192 | 292 | 2.9e-23 | 82.8 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。