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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002365`

染色体: Chr04 坐标: 38129276-38147538 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002365`
名称	SmilChr04G002365
描述	probable RNA-dependent RNA polymerase 5
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	38129276 - 38147538 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021499`
GeneID	`131021499`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021499`
原始查询	`SmilChr04G002365`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable RNA-dependent RNA polymerase 5
产物	probable RNA-dependent RNA polymerase 5
Arabidopsis	`AT2G19930` (AT2G19930) RNA-dependent RNA polymerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816512] identity=45.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0197900` (OsRDR3) - identity=43.6; qcov=0.956; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0003968 (RNA-directed RNA polymerase activity); GO:0030422 (siRNA processing); GO:0031380 (nuclear RNA-directed RNA polymerase complex)
KEGG	-
Pfam	PF05183 (RdRP); PF26252 (RdRP_helical); PF26253 (RdRP_head)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021499

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806696.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057806696.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806696.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806696.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806696.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:38129586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B25
`Chr4:38129674`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,C87
`Chr4:38130347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B124,B79
`Chr4:38130348`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B105,B40
`Chr4:38130348`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B105,B40
`Chr4:38130518`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B5
`Chr4:38135356`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	193	A10,A11,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B104,B105,B106,B107,B108,B110,B111,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B16,B18,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B29,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B74,B77,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,B99,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C30,C34,C35,C36,C38,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C49,C5,C50,C52,C54,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C70,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D6,D8,D9
`Chr4:38135358`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	193	A10,A11,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B104,B105,B106,B107,B108,B110,B111,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B16,B18,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B27,B28,B29,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B74,B77,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,B99,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C30,C34,C35,C36,C38,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C49,C5,C50,C52,C54,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C70,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D6,D8,D9
`Chr4:38135906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr4:38136937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B91
`Chr4:38139525`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B18,B76,B79,C81
`Chr4:38139626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806696.1

1000 aa

500

1000

RdRP_helical

RdRP

RdRP_head

PF26252 RdRP_helical 157-228 aa PF05183 RdRP 248-852 aa PF26253 RdRP_head 902-976 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806696.1`	Pfam	`PF26252`	RdRP_helical	Domain	157	228	2.2e-06	28.4	RNA dependent RNA polymerase, helical domain
`XP_057806696.1`	Pfam	`PF05183`	RdRP	Family	248	852	6.1e-113	379.2	RNA dependent RNA polymerase
`XP_057806696.1`	Pfam	`PF26253`	RdRP_head	Domain	902	976	1.8e-12	48.3	RdRP, head domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950713.1
CAAAAGATTGCGCAATCTACTTACATCAACTCTCGACGCGACAACTCGAAAAATATTTAAAAGCGGGAAACTCTATGTAAGCATTTCATTTCAAGCTCACTCCGCTGATCACACTCCACCACCCTCTCCCTCTCTCAGAAACTCAAAAACAAAAATGGAGGCAAAGAAGCAGAAGATGGATGGCTCCTCTCATGAAGACGTTCGTCTACCGGAGTCCGTAGAAGCGGCCATCGAAAGAATTACAGTGGAAAAGCAGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021499
ATGGAGGCAAAGAAGCAGAAGATGGATGGCTCCTCTCATGAAGACGTTCGTCTACCGGAGTCCGTAGAAGCGGCCATCGAAAGAATTACAGTGGAAAAGCAGCAGCCGCCGCTGCCGCGGAATAGTGACGTCAGAAAAATGCTGCGGGAGATCGGCGAGCAGCCATCCTTGAAGCTTCTCAACATCATTCACTCCTCCAAGACTCCAATTAAAAGCTTCGGTGGCTTCGTCTCTAAGTTGGTCCGGACTTACTATCCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806696.1
MEAKKQKMDGSSHEDVRLPESVEAAIERITVEKQQPPLPRNSDVRKMLREIGEQPSLKLLNIIHSSKTPIKSFGGFVSKLVRTYYPNQAAAIPSPYKSPPPTIYSPSSISPNVARNGESLQSSLSNLQGTGFQNISCQLSFEDEALESRNESMAISPQLLTLNKLEFRKLFLLLSYANGQKLEDVLTTEEANQVYANKALPMPEFERLIWNKFGYRYCNGLDRSQHLDWDSGKTHIYYCHVNPDGSYSFKGPYLNSSRTH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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