Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002367`

染色体: Chr04 坐标: 38160587-38162325 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002367`
名称	SmilChr04G002367
描述	CAX-interacting protein 4-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	38160587 - 38162325 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021500`
GeneID	`131021500`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021500`
原始查询	`SmilChr04G002367`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CAX-interacting protein 4-like
产物	CAX-interacting protein 4-like
Arabidopsis	`AT2G28910` (CXIP4) CAX interacting protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817440] identity=76.5; qcov=0.388; evalue=1.56e-68; confidence=low
Rice	`Os09g0103700` - identity=62.5; qcov=0.424; evalue=1.31e-51; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF13917 (zf-CCHC_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806697.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057806697.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.40000	`XP_057806697.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806697.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806697.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:38161136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B3,C13
`Chr4:38161229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C86
`Chr4:38161247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C6
`Chr4:38161397`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr4:38161457`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,C39,C61,C8
`Chr4:38161482`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B53
`Chr4:38161482`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B53
`Chr4:38161502`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr4:38161663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B71
`Chr4:38161904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B83
`Chr4:38161988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,A5,C54
`Chr4:38162019`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806697.1

340 aa

170

340

zf-CCHC_3

PF13917 zf-CCHC_3 84-103 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806697.1`	Pfam	`PF13917`	zf-CCHC_3	Domain	84	103	2.9e-06	27.7	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950714.1
AATCTTTTTGCCTGGGTTATTGAATCAATCCGCGTATTTATCACTAAAATGGCCCAATATCCTACACCGACTTCACTTAATTACCTTTTTTAATTTTCTATTTTTATATTTATCTAATTCTTTCATATTTGTCGTTCGCCAATTGCGGATCTGCTGAGTTCCGATCACCACAAATTCACGCCGCCCCAATTCGGAGATAATCAGAAGCACGATTTCAAATACGCCGCCCTTCTCACTCGCTACAAAACTCGTCGATTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021500
ATGCCGGCGACCGCGGGGAGGGTTCGCATGCCGGCGAACAACCGGGTGCACAGCAGCGCCGCCCTACAGACCCACGGCATATGGCAGAGTGCAATTGGGTACGATCCCTACGCGCCCAACAAAGAAGAGAAGAGCAACGCCTCCGCTCAGAAGAGCGCCGCCGCCTCGGAAGGTGAACAGGAAAACGCGTATGCTAGTTTCCAGGGTTTACTCGCTCTTGCTCGCATCACGGGATCGAATGCCGACGAGGCTCGTGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806697.1
MPATAGRVRMPANNRVHSSAALQTHGIWQSAIGYDPYAPNKEEKSNASAQKSAAASEGEQENAYASFQGLLALARITGSNADEARGSCKKCGRVGHLTFQCRNFLSAKSDDDKASKDNDAIQAAVLSGLEKMIGEKLKARAAAGESEESSEEESESSDTDYDSEMERAVAQKFGRKASAGGGKLRSSKSRKRSDSDELDNDDGLESDARERKKKEKRERGRSKNRKSAKRRYSDSDDEDSSRKKRRKEKRRKRDDDDSSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器