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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002378

染色体: Chr04 坐标: 38293653-38303404 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002378
名称SmilChr04G002378
描述protein phosphatase 2C and cyclic nucleotide-binding/kinase domain-containing protein
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向38293653 - 38303404 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021511
GeneID131021511
locus_tag-
NCBI NameLOC131021511
原始查询SmilChr04G002378

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein phosphatase 2C and cyclic nucleotide-binding/kinase domain-containing protein
产物protein phosphatase 2C and cyclic nucleotide-binding/kinase domain-containing protein
ArabidopsisAT2G20050 (AT2G20050)
protein phosphatase 2C and cyclic nucleotide-binding/kinase domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816524]
identity=66.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0281000 (OsPP23)
-
identity=63.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG-
PfamPF00027 (cNMP_binding); PF00069 (Pkinase); PF00481 (PP2C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021511

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806720.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057806720.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806720.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806720.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806720.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:38294146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C23,C69
Chr4:38294565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C56
Chr4:38295779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B125,B81,C41,C6
Chr4:38295819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:38295856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C3
Chr4:38296179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr4:38296666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr4:38296744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:38299027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,C11,C23,C69
Chr4:38300520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr4:38300521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C81
Chr4:38300806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B69,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806720.1
1082 aa
N
1
541
1082
PP2C
cNMP_binding
Pkinase
C
PF00481 PP2C 123-364 aa PF00027 cNMP_binding 498-588 aa PF00069 Pkinase 790-1025 aa
XP_057806721.1
1082 aa
N
1
541
1082
PP2C
cNMP_binding
Pkinase
C
PF00481 PP2C 123-364 aa PF00027 cNMP_binding 498-588 aa PF00069 Pkinase 790-1025 aa
XP_057806723.1
1082 aa
N
1
541
1082
PP2C
cNMP_binding
Pkinase
C
PF00481 PP2C 123-364 aa PF00027 cNMP_binding 498-588 aa PF00069 Pkinase 790-1025 aa
XP_057806724.1
1082 aa
N
1
541
1082
PP2C
cNMP_binding
Pkinase
C
PF00481 PP2C 123-364 aa PF00027 cNMP_binding 498-588 aa PF00069 Pkinase 790-1025 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806720.1 Pfam PF00481 PP2C Family 123 364 1.6e-35 123.7 Protein phosphatase 2C
XP_057806720.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 498 588 9.9e-23 80.6 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057806720.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 790 1025 5.1e-28 98.9 Protein kinase domain
XP_057806721.1 Pfam PF00481 PP2C Family 123 364 1.6e-35 123.7 Protein phosphatase 2C
XP_057806721.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 498 588 9.9e-23 80.6 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057806721.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 790 1025 5.1e-28 98.9 Protein kinase domain
XP_057806723.1 Pfam PF00481 PP2C Family 123 364 1.6e-35 123.7 Protein phosphatase 2C
XP_057806723.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 498 588 9.9e-23 80.6 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057806723.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 790 1025 5.1e-28 98.9 Protein kinase domain
XP_057806724.1 Pfam PF00481 PP2C Family 123 364 1.6e-35 123.7 Protein phosphatase 2C
XP_057806724.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 498 588 9.9e-23 80.6 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057806724.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 790 1025 5.1e-28 98.9 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100967.1
ATTCCGTAATGATTTACAAACTTGGGAATGCCAATGCGTTGCGGTCCATGTGTTGAGAAAGCCTGGCGTGGGTCCAGCATTATCCCCATCGCTCTCCAATCAGCAGCCCCACACCCACACACACACACACATGCACTGCTGCTACGTCTCCACTCCACATCCAGTCCTCTCTTCTTCATCTACTCACCATCATCTCCTTTCTCCACTCCAAACCACACTCTAAAAAGCTGGTCGGACATTTTCATTGCAAGTCCTGTTGT...
XM_057950740.1
TTCCGTAATGATTTACAAACTTGGGAATGCCAATGCGTTGCGGTCCATGTGTTGAGAAAGCCTGGCGTGGGTCCAGCATTATCCCCATCGCTCTCCAATCAGCAGCCCCACACCCACACACACACACACATGCACTGCTGCTACGTCTCCACTCCACATCCAGTCCTCTCTTCTTCATCTACTCACCATCATCTCCTTTCTCCACTCCAAACCACACTCTAATTCGGTATTCTGGAAACCTAATGCACCATCTTCTGGGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021511
ATGGGTTGTGTTTATTCTAAGACATGTATTGGTGAGTTGTGTGCCCCTCGAGATGTTAAGCTGGAACAAGGTGGAGCTGTAAAAACAGCTGCAAGTGAGATTGCAGTATTCTCGCCTCCTGGTTCTGATAGCGAAGGAGAGAAAGAAGATCAACTATATCAGTTTAGTTCAACCACTGATCATGAGGTGGGTATTACTCGACTGTCTAGGGTGTCAGCTCAGTTCTTACCTCCTGATGGCTCGAAGTTTGTGAAGATTCC...
LOC131021511
ATGGGTTGTGTTTATTCTAAGACATGTATTGGTGAGTTGTGTGCCCCTCGAGATGTTAAGCTGGAACAAGGTGGAGCTGTAAAAACAGCTGCAAGTGAGATTGCAGTATTCTCGCCTCCTGGTTCTGATAGCGAAGGAGAGAAAGAAGATCAACTATATCAGTTTAGTTCAACCACTGATCATGAGGTGGGTATTACTCGACTGTCTAGGGTGTCAGCTCAGTTCTTACCTCCTGATGGCTCGAAGTTTGTGAAGATTCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806720.1
MGCVYSKTCIGELCAPRDVKLEQGGAVKTAASEIAVFSPPGSDSEGEKEDQLYQFSSTTDHEVGITRLSRVSAQFLPPDGSKFVKIPSGEYELHYSFLSQRGYYPDALDKANQDSFCIHTPFGTSPDDHFFGVFDGHGEFGAQCSQFVKHKLCENLLRNSRFHMDAVEACHAAFLTTNSQLHADTIDDSMSGTTAVTILVRGRTLYIANAGDSRAVIGEKRGNDIVAVDLSVDQTPFRPDELERVKLCGARVLTLDQIEG...
XP_057806721.1
MGCVYSKTCIGELCAPRDVKLEQGGAVKTAASEIAVFSPPGSDSEGEKEDQLYQFSSTTDHEVGITRLSRVSAQFLPPDGSKFVKIPSGEYELHYSFLSQRGYYPDALDKANQDSFCIHTPFGTSPDDHFFGVFDGHGEFGAQCSQFVKHKLCENLLRNSRFHMDAVEACHAAFLTTNSQLHADTIDDSMSGTTAVTILVRGRTLYIANAGDSRAVIGEKRGNDIVAVDLSVDQTPFRPDELERVKLCGARVLTLDQIEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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