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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002397

染色体: Chr04 坐标: 38524132-38527748 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002397
名称SmilChr04G002397
描述uncharacterized SmilChr04G002397
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向38524132 - 38527748 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021529
GeneID131021529
locus_tag-
NCBI NameLOC131021529
原始查询SmilChr04G002397

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os07g0150500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os07g0150500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G17210 (ILP1)
IAP-like protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838292]
identity=67.6; qcov=0.264; evalue=5.44e-11; confidence=weak
RiceOs07g0150500
-
identity=59.5; qcov=0.636; evalue=6.95e-20; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021529

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057806739.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057806739.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806739.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806739.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806739.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:38525819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,D4
Chr4:38525821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr4:38525850 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 C72,D5
Chr4:38525850 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 C72,D5
Chr4:38525860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:38525872 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A20,A23,C24,C65,C78,C85
Chr4:38525873 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A24
Chr4:38525873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr4:38525880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr4:38525903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B102,B12,B55
Chr4:38525917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B125,C12
Chr4:38525923 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B125,B140,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100977.1
TATTTTGATTTATCTCATTCTCTATTCTGCCTTTTACGCCTCAATTCTTAAGCTTGGCAAAAATATCAAAATTCTCATACTCAAATACCGTTACAAAATATGATTAGCAATTCATACGTAATTCCTTCTCAAATCTCTCACCATGTGTCTGCAAATCTCATGCTCAATCACCTGTTGTAGCAATTGATCAGCAGCAAATCCTTCTAAAATCCACCTTTTCCGCCATCTGCAAATCCTTCTCAAAACTCTCCCCATCCATC...
XR_009100976.1
TGATTTATCTCATTCTCTATTCTGCCTTTTACGCCTCAATTCTTAAGCTTGGCAAAAATATCAAAATTCTCATACTCAAATACCGTTACAAAATATGATTAGCAATTCATACGTAATTCCTTCTCAAATCTCTCACCATGTGTCTGCAAATCTCATGCTCAATCACCTGTTGTAGCAATTGATCAGCAGCAAATCCTTCTAAAATCCACCTTTTCCGCCATCTGCAAATCCTTCTCAAAACTCTCCCCATCCATCTGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021529
ATGAAGGACGAAGCCGTGAGCTCCTCACGCGACCCGTTATTGCCCCCGAGATCTATGTCTCCTCCTCCGAGCCTCACTCACGCTGCCAGTTCTGCTGGGGCATCATCTCCTGCTGTTCCCACAAATGCTGGCAGCTCAGATGGGCTTGGGCAAGTCCAGAATTCGAAAGGAGGGTGGTCTCTTTCCCGGATTGGTTCACAGCCCATGCACACATCATTGAGCACCAGTGCTGGTGGTTCAGCCCTTGGATCATCACAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806739.1
MKDEAVSSSRDPLLPPRSMSPPPSLTHAASSAGASSPAVPTNAGSSDGLGQVQNSKGGWSLSRIGSQPMHTSLSTSAGGSALGSSQPSCRPWERGDLLRRLSTFKPANWFGKPKVFELALLLYDVFRNCSSVDVTSIRNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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