当前解析结果
SmilChr04G002398| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002398 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002398 |
| 描述 | acyl-CoA-binding domain-containing protein 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 38527909 - 38529959 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021530 |
|---|---|
| GeneID | 131021530 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021530 |
| 原始查询 | SmilChr04G002398 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acyl-CoA-binding domain-containing protein 3-like |
| 产物 | acyl-CoA-binding domain-containing protein 3-like |
| Arabidopsis | AT4G24230 (ACBP3)acyl-CoA-binding domain 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828524] identity=40.8; qcov=0.88; evalue=4.32e-32; confidence=medium |
| Rice | Os03g0243600 (OsACBP5)- identity=51.5; qcov=0.474; evalue=9.1e-28; confidence=medium |
| GO | GO:0000062 (fatty-acyl-CoA binding); GO:0006631 (fatty acid metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00887 (ACBP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021530 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057806741.1 |
| 2 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057806741.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057806741.1 |
| 4 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057806741.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806741.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:38528487 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr4:38528631 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B83,C21,C29,C59 |
Chr4:38528631 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B83,C21,C29,C59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806741.1PF00887
ACBP 111-180 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806741.1 |
Pfam | PF00887 |
ACBP | Domain | 111 | 180 | 3.7e-21 | 75.8 | Acyl CoA binding protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。