Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002417`

染色体: Chr04 坐标: 38784838-38786411 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002417`
名称	SmilChr04G002417
描述	uncharacterized SmilChr04G002417
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	38784838 - 38786411 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023414`
GeneID	`131023414`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023414`
原始查询	`SmilChr04G002417`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycerol kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829979]; symbol=AT4G38225; hit=AT4G38225; species=arabidopsis; confidence=high
产物	glycerol kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829979]; symbol=AT4G38225; hit=AT4G38225; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G38225` (AT4G38225) glycerol kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829979] identity=58.4; qcov=0.724; evalue=4.63e-62; confidence=high
Rice	`Os03g0128800` - identity=53.2; qcov=0.707; evalue=2.61e-51; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023414

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057808938.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057808938.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808938.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808938.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808938.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:38784877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C22
`Chr4:38785180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr4:38785188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B76
`Chr4:38785188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:38785204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C59
`Chr4:38785213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C3
`Chr4:38785220`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B46,C39,D4
`Chr4:38785240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:38785254`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C17
`Chr4:38785254`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C17
`Chr4:38785255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B44,B7,C28
`Chr4:38785256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952955.1
ATGGTGCAATTTAACTCAGCCCAAAGACGGCCGTTAAGCGTCCAATTTGCTGAAAAAGTGTCGAGAGAATGGGACAGATTTGGGTCGAATTTCACGGCAGAGGGGCAGACGGTGGAGCTGCCGGAATCAGTGGTGCCGGAGGCATACCGGGAGTGGGAGTTCAAAGTATTCGACTGGCAAACACAGTGCCCCACCCTCGCTGAAACCCTAGGCAACTCCCCCTCTCTCACGTATAGATCCATCAAGCTCTTCCCCACCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023414
ATGGTGCAATTTAACTCAGCCCAAAGACGGCCGTTAAGCGTCCAATTTGCTGAAAAAGTGTCGAGAGAATGGGACAGATTTGGGTCGAATTTCACGGCAGAGGGGCAGACGGTGGAGCTGCCGGAATCAGTGGTGCCGGAGGCATACCGGGAGTGGGAGTTCAAAGTATTCGACTGGCAAACACAGTGCCCCACCCTCGCTGAAACCCTAGGCAACTCCCCCTCTCTCACGTATAGATCCATCAAGCTCTTCCCCACCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808938.1
MVQFNSAQRRPLSVQFAEKVSREWDRFGSNFTAEGQTVELPESVVPEAYREWEFKVFDWQTQCPTLAETLGNSPSLTYRSIKLFPTVGCETDAATVYTSDERNIFDASAFTYASTGCYVAEQRIDSVSKSVELEHCLIDPTNKKSRVRVIQVLNLQEFELKLVRIKVFVEQWYAPFQNDDQLRTGRDNRGRVHWAVGKKTLWDGLNYTIFMDYEEVFGSRSRMWGKRSRGLYLRGESAP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器