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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002451

染色体: Chr04 坐标: 39230623-39236288 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002451
名称SmilChr04G002451
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65820
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向39230623 - 39236288 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021579
GeneID131021579
locus_tag-
NCBI NameLOC131021579
原始查询SmilChr04G002451

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65820
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65820
ArabidopsisAT5G65820 (AT5G65820)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836711]
identity=63.4; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0728200
-
identity=50.8; qcov=0.826; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806822.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057806822.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806822.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806822.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806822.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:39232616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B91,C50,C77
Chr4:39232668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B135
Chr4:39232732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:39232904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr4:39233007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B81,C41,C6
Chr4:39233718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,C32,C4,C68
Chr4:39234110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B44,B67,B99,C28
Chr4:39234368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806822.1
679 aa
N
1
340
679
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR
PPR_2
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 181-209 aa PF01535 PPR 218-246 aa PF13041 PPR_2 220-262 aa PF12854 PPR_1 245-277 aa PF01535 PPR 252-277 aa PF13812 PPR_3 273-327 aa PF01535 PPR 287-315 aa PF13812 PPR_3 306-364 aa PF12854 PPR_1 314-346 aa PF13041 PPR_2 317-365 aa PF01535 PPR 320-350 aa PF17177 PPR_long 337-425 aa PF12854 PPR_1 348-381 aa PF01535 PPR 356-385 aa PF13041 PPR_2 357-401 aa PF23276 TPR_24 374-477 aa PF13812 PPR_3 375-431 aa PF12854 PPR_1 384-416 aa PF13041 PPR_2 388-428 aa PF01535 PPR 390-419 aa PF01535 PPR 426-455 aa PF13812 PPR_3 446-502 aa PF13041 PPR_2 457-504 aa PF01535 PPR 461-490 aa PF01535 PPR 496-525 aa PF01535 PPR 568-596 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 209 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 218 246 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 220 262 9.2e-76 250.5 PPR repeat family
XP_057806822.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 245 277 9.2e-57 189.2 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 277 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 273 327 3.9e-40 136.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 287 315 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 306 364 3.9e-40 136.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806822.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 314 346 9.2e-57 189.2 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 317 365 9.2e-76 250.5 PPR repeat family
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 320 350 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 337 425 3.3e-22 79.6 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057806822.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 348 381 9.2e-57 189.2 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 356 385 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 357 401 9.2e-76 250.5 PPR repeat family
XP_057806822.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 374 477 4.8e-23 82.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057806822.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 375 431 3.9e-40 136.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806822.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 384 416 9.2e-57 189.2 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 388 428 9.2e-76 250.5 PPR repeat family
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 390 419 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 426 455 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 446 502 3.9e-40 136.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806822.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 457 504 9.2e-76 250.5 PPR repeat family
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 461 490 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 496 525 8.2e-63 205.1 PPR repeat
XP_057806822.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 568 596 8.2e-63 205.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100999.1
GGGTATATATATCATTTTTGCCTTCATTTTTTCTCTTCTCGCTCTCACTCTCTCGTTAGCCGTTCCGTTCAGTCATTGCCTCGACGTTACCTCTCTCTGCGCTGTAGATTCGCGCTGCCTCAGCCTCAGCCTCAGCTACCAGCGCACCGCCTCAGCCACTACCAAAGGTGGCAGCCTCAGCCCTGTTTCAGACTCCTCCATTCAGCCGCGGCCGCGCCAGCCTCCGGCCTCCGCTTCTCAACGACCACTCGAGGGGCTGC...
XR_009100997.1
GCCTTCATTTTTTCTCTTCTCGCTCTCACTCTCTCGTTAGCCGTTCCGTTCAGTCATTGCCTCGACGTTACCTCTCTCTGCGCTGTAGATTCGCGCTGCCTCAGCCTCAGCCTCAGCTACCAGCGCACCGCCTCAGCCACTACCAAAGGTGGCAGCCTCAGCCCTGTTTCAGACTCCTCCATTCAGCCGCGGCCGCGCCAGCCTCCGGCCTCCGCTTCTCAACGACCACTCGAGGGGCTGCTCGTTCCTGACGGCCGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021579
ATGCAGAGAGTCAGTTCAAAGAAGTTATGTGGTCTATGCTTGAATCTTAATATCCGCTTATTTATCGGCAAGCAAAATGCTATTAGAAAAGAATCTTCATTTCATTTGGAATTTCACAAGTCATCAAATCCCCTGCTCTTTTCCACTTATTCACATCTGGATTCTTCAAAGTTTCCATCAAAACCCAACTTTACTCCTGAATCAGATAATCCTATTTCTGGAGATGGAAATTTTAGAAAGTTGAATGAACCAAAAAGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806822.1
MQRVSSKKLCGLCLNLNIRLFIGKQNAIRKESSFHLEFHKSSNPLLFSTYSHLDSSKFPSKPNFTPESDNPISGDGNFRKLNEPKRGRGFIYLTSETEFSRESQIPDHDEFSADVEKVYRTLRKFHSRVPKLELALHESGVSVRSGLVERVLSRCGDAGNLGYRFFVWASKQPGYRHSYDAYKSMIKILSKMRQFGAVWALIEEMRKENPHLLSPEVFVVLMRRFASARMVKKAIEVLDEMPKYGCEPDEYVFGCLLDAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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