当前解析结果
SmilChr04G002455| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002455 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002455 |
| 描述 | transcription factor RAX3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 39307868 - 39309267 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021583 |
|---|---|
| GeneID | 131021583 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021583 |
| 原始查询 | SmilChr04G002455 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor RAX3-like |
| 产物 | transcription factor RAX3-like |
| Arabidopsis | AT3G49690 (MYB84)myb domain protein 84 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824131] identity=87.9; qcov=0.51; evalue=4.89e-81; confidence=medium |
| Rice | Os03g0771100- identity=61.6; qcov=0.835; evalue=3.17e-80; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021583 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057806825.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806825.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806825.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057806825.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057806825.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:39308139 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B128,B28,B88,C56 |
Chr4:39308171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B90,B92,C87 |
Chr4:39308275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:39308300 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B82 |
Chr4:39308300 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr4:39308374 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,C6 |
Chr4:39308483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,C77 |
Chr4:39308501 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr4:39308687 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr4:39308894 |
C |
CGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B1,B130,B21,B86,C24,C53 |
Chr4:39308900 |
TAG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B130,B21,B86,B88,C24,C53 |
Chr4:39308903 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806825.1PF00249
Myb_DNA-binding 14-62 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 17-76 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 69-112 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 71-116 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806825.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 14 | 62 | 1.5e-31 | 109.0 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057806825.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 17 | 76 | 2.5e-17 | 63.5 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057806825.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 69 | 112 | 1.5e-31 | 109.0 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057806825.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 71 | 116 | 2.5e-17 | 63.5 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。