当前解析结果
SmilChr04G002472| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002472 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002472 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002472 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 39527007 - 39527561 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023421 |
|---|---|
| GeneID | 131023421 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023421 |
| 原始查询 | SmilChr04G002472 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G09510 (AT3G09510)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=29.2; qcov=0.837; evalue=7.39e-12; confidence=low |
| Rice | Os02g0118800- identity=31.1; qcov=0.821; evalue=7.47e-13; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023421 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808945.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057808945.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808945.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808945.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808945.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:39527023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B87,C20,C78,D9 |
Chr4:39527058 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 25 | A18,B1,B10,B103,B126,B136,B138,B25,B30,B31,B54,B58,B65,B79,B88,C11,C16,C43,C46,C49,C51,C69,C80,C9,D1 |
Chr4:39527063 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 40 | A4,A6,A8,B103,B113,B114,B115,B117,B123,B127,B134,B139,B14,B22,B29,B33,B34,B35,B37,B50,B60,B65,B73,B74,B81,B88,B97,C15,C18,C29,C3,C31,C37,C49,C50,C55,D1,D4,D7,D9 |
Chr4:39527149 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 26 | A18,B1,B10,B103,B126,B136,B138,B25,B30,B31,B54,B58,B65,B79,B88,C11,C16,C18,C43,C46,C49,C51,C69,C80,C9,D1 |
Chr4:39527223 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B135,C37 |
Chr4:39527228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C24 |
Chr4:39527234 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr4:39527278 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 119 | A1,A13,A16,A18,A21,A22,A25,A5,A7,B1,B10,B100,B103,B105,B106,B11,B110,B111,B112,B113,B115,B118,B121,B124,B126,B13,B134,B136,B137,B138,B16,B18,B19,B20,B21,B23,B25,B30,B34,B36,B4,B42,B43,B44,B46,B49,B5,B51,B53,B54,B55,B58,B59,B60,B61,B65,B66,B69,B73,B75,B76,B78,B79,B82,B87,B92,B93,B95,B97,B98,C1,C10,C16,C18,C22,C23,C24,C25,C26,C30,C32,C37,C38,C40,C43,C44,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C54,C55,C59,C60,C61,C62,C65,C67,C70,C71,C73,C74,C76,C77,C78,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D3,D4,D5 |
Chr4:39527342 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr4:39527363 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,A3,B41,C45,D6 |
Chr4:39527375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B32 |
Chr4:39527375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808945.1PF13966
zf-RVT 9-83 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808945.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 9 | 83 | 5.5e-17 | 62.9 | zinc-binding in reverse transcriptase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。