Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002480`

染色体: Chr04 坐标: 39646915-39654342 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002480`
名称	SmilChr04G002480
描述	elongation factor Ts, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	39646915 - 39654342 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021611`
GeneID	`131021611`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021611`
原始查询	`SmilChr04G002480`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	elongation factor Ts, mitochondrial-like
产物	elongation factor Ts%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT4G11120` (AT4G11120) translation elongation factor Ts (EF-Ts) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826713] identity=59.9; qcov=1.01; evalue=1.1e-170; confidence=high
Rice	`Os08g0399600` - identity=67.5; qcov=0.804; evalue=3e-159; confidence=high
GO	GO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0070125 (mitochondrial translational elongation)
KEGG	-
Pfam	PF00889 (EF_TS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057806851.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057806851.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806851.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806851.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806851.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:39650834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr4:39650890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr4:39651013`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr4:39651093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr4:39651447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B140,B69
`Chr4:39651520`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:39651889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,C4,C49
`Chr4:39652239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,C13,C49,C9
`Chr4:39652247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,C13,C49,C9
`Chr4:39652256`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,B90
`Chr4:39652281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,C13,C49,C9
`Chr4:39652567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806851.1

398 aa

199

398

EF_TS

PF00889 EF_TS 150-380 aa

XP_057806852.1

398 aa

199

398

EF_TS

PF00889 EF_TS 150-380 aa

XP_057806853.1

398 aa

199

398

EF_TS

PF00889 EF_TS 150-380 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806851.1`	Pfam	`PF00889`	EF_TS	Family	150	380	3.3e-45	154.9	Elongation factor TS
`XP_057806852.1`	Pfam	`PF00889`	EF_TS	Family	150	380	3.3e-45	154.9	Elongation factor TS
`XP_057806853.1`	Pfam	`PF00889`	EF_TS	Family	150	380	3.3e-45	154.9	Elongation factor TS

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950869.1
TCCTATGCGCCTCTCTTCACTTTCCCAAATCTCTCAAACTCTGCAAATTAAGAATCCGCCGCATCCAACTTATACTGTCGTCTCCAACTCGTCAACTCCCTCAAGGCTCAACGACTTCATCTAGGCCACACATAATCACCGTCTATTTGTTGTTTGCACTCTTTCCCGGTCTCTCTCTGTCGTCCGACGGTAGCTGCCGCCCAGCCCTCGCCGGCTTGCCCCGTCTCCTTCGACCGACGGCAGAAGTGAGCTTTATTTGT...

XM_057950870.1
TCCTATGCGCCTCTCTTCACTTTCCCAAATCTCTCAAACTCTGCAAATTAAGAATCCGCCGCATCCAACTTATACTGTCGTCTCCAACTCGTCAACTCCCTCAAGGCTCAACGACTTCATCTAGGCCACACATAATCACCGTCTATTTGTTGTTTGCACTCTTTCCCGGTCTCTCTCTGTCGTCCGACGGTAGCTGCCGCCCAGCCCTCGCCGGCTTGCCCCGTCTCCTTCGACCGACGGCAGAAGTGAGGTTTTGACTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131021611
ATGGGCTTGACACGGGGCATGAAGCGTCCGGTTGAAATTCTATACAAAAGACTGAGTAGTCCGGTCAATCACAGTCATGGTTCTGCTTTTGCGCACAACAAAGGAGCGTTATTTACTATGCTCTCGGAGAGAAATGCAGCTGGAGTTCCAAACTATTCCAAATGTATCAATGGCTTTGGAATACACTTCACTCGGAATTACTCATCCGAAGTATCTTCATCTGAACAAGTTAATCTCATAAAACAACTGAGGGAGAGAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057806851.1
MGLTRGMKRPVEILYKRLSSPVNHSHGSAFAHNKGALFTMLSERNAAGVPNYSKCINGFGIHFTRNYSSEVSSSEQVNLIKQLRERTSAPIKEVKSALVACDWDIEAAQKELRKRGVALASKKSSRTAAEGFLALAQDEKKAVLVELNCETDFVARNEIFQHLALCLAKSALVLEGSPQASATIPVSPESLEDLKINFDHPKLTGEKTVQNAITEVAVMTGENVKLGGGFAISAPSYGVVSTYLHTSPMPGIGRIAGLLS...

XP_057806852.1
MGLTRGMKRPVEILYKRLSSPVNHSHGSAFAHNKGALFTMLSERNAAGVPNYSKCINGFGIHFTRNYSSEVSSSEQVNLIKQLRERTSAPIKEVKSALVACDWDIEAAQKELRKRGVALASKKSSRTAAEGFLALAQDEKKAVLVELNCETDFVARNEIFQHLALCLAKSALVLEGSPQASATIPVSPESLEDLKINFDHPKLTGEKTVQNAITEVAVMTGENVKLGGGFAISAPSYGVVSTYLHTSPMPGIGRIAGLLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器