Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002490`

染色体: Chr04 坐标: 39783753-39786583 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002490`
名称	SmilChr04G002490
描述	mitogen-activated protein kinase 7-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	39783753 - 39786583 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021620`
GeneID	`131021620`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021620`
原始查询	`SmilChr04G002490`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitogen-activated protein kinase 7-like
产物	mitogen-activated protein kinase 7-like
Arabidopsis	`AT2G18170` (MPK7) MAP kinase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816330] identity=77.5; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0699400` (OsMAPK4) - identity=75.8; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004707 (MAP kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021620

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806861.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806861.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806861.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806861.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806861.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:39784532`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr4:39784775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr4:39784913`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B140,B69
`Chr4:39785910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B44,B52,C16
`Chr4:39785916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B34,B65,C51,D1
`Chr4:39786041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806861.1

370 aa

185

370

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 35-319 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 36-229 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806861.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	35	319	3.3e-68	230.6	Protein kinase domain
`XP_057806861.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	36	229	1.9e-30	106.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950878.1
CCTGCATGTCATATCTATCCACGTGGGACGTGCTCCAATTTCACCTCTTTTCTCAAAACTTTCAATTTTCAAAGTTGAACCATTCACGCCAAGAACACTCCATTTCACCACCACCAAAACTCGCATCTTGCTGGGGCATATCCCCAAACAAGAAACTTCCTTTTCTATTTATCTATTCAATTCAACAAATATAGGAAACTTAAATTGCCAAATTGCCTACGATTCTTGCGTTGTACTTGCACAAGATTCAGAGAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021620
ATGGCGACCCCCGTGGAGCCCCCAAATGGATTTAGGCCAATAGGAAAACATTACTACACAATGTGGCATACGTTGTTCGAAATCGACACCAAATACATTCCCATCAAGGGCATAGGCAGAGGGGCGTATGGGGTAGTTTGTTCATCGATAAATAGGGACACGAACGAGAGGGTGGCGATCAAGAAGATCAACAATGTTTTTGGGAATCGCGTTGATGCACTGAGGACTTTGCGAGAGCTGATGCTGCTGCGATGCATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806861.1
MATPVEPPNGFRPIGKHYYTMWHTLFEIDTKYIPIKGIGRGAYGVVCSSINRDTNERVAIKKINNVFGNRVDALRTLRELMLLRCIKHENVIALKDVMMPSNWRGFKDVYLVYELMDTDLHQIIKSSQPLSNDHCKFFIFQLLRGLKYLHSANILHRDLKPGNLLVNADCQLKICDFGLARTSRDNGQFMTEYVVTRWYRAPELLLSCDNYGTSIDIWSVGCILAEILGRKPIFPGTDSLSQLRLIISVLGSQPEADLKF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器