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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002509`

染色体: Chr04 坐标: 40073942-40076409 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002509`
名称	SmilChr04G002509
描述	probable GTP diphosphokinase CRSH, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	40073942 - 40076409 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021640`
GeneID	`131021640`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021640`
原始查询	`SmilChr04G002509`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable GTP diphosphokinase CRSH, chloroplastic
产物	probable GTP diphosphokinase CRSH%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G17470` (CRSH) Ca2+-activated RelA/spot-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821012] identity=68; qcov=0.916; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0161200` (CRSH1) - identity=62; qcov=0.889; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0015969 (guanosine tetraphosphate metabolic process)
KEGG	smil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00036 (EF-hand_1); PF04607 (RelA_SpoT); PF13202 (EF-hand_5); PF13328 (HD_4); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021640

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057806877.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057806877.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806877.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806877.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806877.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:40074107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B85,B90,C81
`Chr4:40074249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:40074252`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:40074297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr4:40075319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr4:40075378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C22
`Chr4:40075535`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B131,B95
`Chr4:40075535`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B131,B95
`Chr4:40075869`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C57
`Chr4:40075869`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C57
`Chr4:40075927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B44,B67,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806877.1

559 aa

280

559

HD_4

RelA_SpoT

EF-hand_1

EF-hand_6

EF-hand_7

EF-hand_5

PF13328 HD_4 98-234 aa PF04607 RelA_SpoT 300-422 aa PF00036 EF-hand_1 465-489 aa PF13405 EF-hand_6 465-491 aa PF13499 EF-hand_7 465-517 aa PF13202 EF-hand_5 466-487 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806877.1`	Pfam	`PF13328`	HD_4	Family	98	234	1.6e-23	83.8	HD domain
`XP_057806877.1`	Pfam	`PF04607`	RelA_SpoT	Family	300	422	1.1e-30	106.9	Region found in RelA / SpoT proteins
`XP_057806877.1`	Pfam	`PF00036`	EF-hand_1	Domain	465	489	3.2e-12	45.8	EF hand domain
`XP_057806877.1`	Pfam	`PF13405`	EF-hand_6	Domain	465	491	1.8e-10	40.3	EF-hand domain
`XP_057806877.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	465	517	7.4e-13	49.4	EF-hand domain pair
`XP_057806877.1`	Pfam	`PF13202`	EF-hand_5	Domain	466	487	1.6e-10	40.7	EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950894.1
AAATGATGGGATAATTGTAGTGTAAATGATGATGAAGGTATGAGTGGCACATCAGAAATGAAGACACTCTCAAGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGGCGTGATCGGGCGTCCTGCTCCTTGTTGTAGTCCGCTGGTTTATCCGAAAGCTAAGACGAGTGCGAGAGTGAGTGTGAGTTTATCAATTGAATTCCTGAAGAGGAGGAGGAAGCAAATTGGAATGGTGAAGGCACTGGAGCAACCTGGGGGTAAGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021640
ATGGGCGTGATCGGGCGTCCTGCTCCTTGTTGTAGTCCGCTGGTTTATCCGAAAGCTAAGACGAGTGCGAGAGTGAGTGTGAGTTTATCAATTGAATTCCTGAAGAGGAGGAGGAAGCAAATTGGAATGGTGAAGGCACTGGAGCAACCTGGGGGTAAGATGGTGGTGGAGTTGGTTGGGGCCTTCAATGAACTGACGGAGAGGATGAGCGTCCTCTCCTCCAGCTCCTCCCGCCTCCTCTTCAAGACCCTCAAGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806877.1
MGVIGRPAPCCSPLVYPKAKTSARVSVSLSIEFLKRRRKQIGMVKALEQPGGKMVVELVGAFNELTERMSVLSSSSSRLLFKTLKLSLPILHSLPLLPDGRDPLSRALSLALFLAHLQMDAEAICAGILRQVIEGGMISMNEVRERIGMGTAHLLHESMRLNNISSKVEALDDESAFALRKFCLTYYDVRAIILDLVLKLDMMRHLDHLPRYKQQMVSVQVMKIYAPLAHAVGITSLSMELEDLSFRYMFPYSYLYVDTW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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