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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002510`

染色体: Chr04 坐标: 40085739-40088968 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002510`
名称	SmilChr04G002510
描述	replication factor C subunit 3-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	40085739 - 40088968 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021641`
GeneID	`131021641`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021641`
原始查询	`SmilChr04G002510`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	replication factor C subunit 3-like
产物	replication factor C subunit 3-like
Arabidopsis	`AT5G27740` (EMB2775) ATPase family associated with various cellular activities (AAA) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832836] identity=40.4; qcov=0.819; evalue=5.82e-86; confidence=medium
Rice	`Os02g0704966` - identity=48.3; qcov=0.991; evalue=6.94e-142; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003689 (DNA clamp loader activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005663 (DNA replication factor C complex); GO:0006261 (DNA-templated DNA replication); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	smil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03430 (Mismatch repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF21960 (RCF1-5-like_lid); PF22534 (RFC_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806879.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057806879.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057806879.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806879.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806879.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:40087035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,C32,C42,C68
`Chr4:40087646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806879.1

426 aa

213

426

RCF1-5-like_lid

RFC_C

PF21960 RCF1-5-like_lid 271-311 aa PF22534 RFC_C 326-420 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806879.1`	Pfam	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	Domain	271	311	1.1e-11	45.2	RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain
`XP_057806879.1`	Pfam	`PF22534`	RFC_C	Domain	326	420	4.1e-14	53.7	Replication factor C subunit 3, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950896.1
GCGCCGGAGGTATGCCTCTCCGCTCAAGAAAGACCGCCCTAGCTACAGCAGAAGGGCCGCATCCGCGCCCAGGTCAAGGCTAAGGCCCAGACCCAAACACACCGAGCTGCCCGAGATCAATGAAACCGTCAACTTCGACAGCATCGACTCCCTTTTCTTTTCTCGCGCCGACGGGGATGCCAATCAGCCGGCGCCTCTGCCTAAGCCGCCTGGCTACGTTGCTCGGAGCTCCACCTCCAGCTTTCTGAATCAGAACACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021641
ATGAGCAGGCAGAGTAGTAATATAAGTGAGCGGACGAGTGCGAGCACTGCGAGGTTTGTGGCGAGCAGAAGGAAGAATCAGTCGGAGACGACGACGTGGTTCTTCTGCATCAAGAAGGGGTCTTGCAAGACTTCTAAGAAGTCGCCGGAGAAGGAGAGGCCCTTCGACGAGGCTTCTTTTATCAGTAAGGCTGTTGTGCTTGAGAGCTTGAGGCCGCTCTGGGCCGACAAGCATCAGCCTGTTTCTTTGACTGGATTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806879.1
MSRQSSNISERTSASTARFVASRRKNQSETTTWFFCIKKGSCKTSKKSPEKERPFDEASFISKAVVLESLRPLWADKHQPVSLTGFACHKNEAQLLHQLANSEMFPHILLKGLPGTGKKALTMALLRELYGDSVWNISHDLRYFHILESRPMQVVVPVSSSPHHMELNVYTESKAAYALTALVKQISSEYTVTPEISVAPNKAHYKVLVLYDVDKAAENIQHLIKWIMDCYSDCCKLILCCEDDADVLDSVKSRCKLISI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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