当前解析结果
SmilChr04G002514| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002514 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002514 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 43-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 40155912 - 40157755 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021644 |
|---|---|
| GeneID | 131021644 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021644 |
| 原始查询 | SmilChr04G002514 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 43-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 43-like |
| Arabidopsis | AT3G06130 (AT3G06130)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819786] identity=43.1; qcov=0.516; evalue=1.28e-10; confidence=low |
| Rice | Os04g0661100- identity=65.7; qcov=0.556; evalue=1.34e-27; confidence=medium |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021644 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057806882.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057806882.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057806882.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806882.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806882.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:40156125 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B59,C81 |
Chr4:40156167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C81 |
Chr4:40157498 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806882.1PF00403
HMA 7-62 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806882.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 7 | 62 | 4.8e-14 | 53.2 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。