Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002528`

染色体: Chr04 坐标: 40362097-40362894 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002528`
名称	SmilChr04G002528
描述	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	40362097 - 40362894 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023429`
GeneID	`131023429`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023429`
原始查询	`SmilChr04G002528`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
产物	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
Arabidopsis	`AT4G15090` (FAR1) FRS (FAR1 Related Sequences) transcription factor family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827173] identity=28; qcov=1.01; evalue=4.77e-28; confidence=low
Rice	`Os12g0225300` - identity=28.1; qcov=1.02; evalue=6.78e-26; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023429

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808952.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808952.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808952.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808952.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808952.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:40362113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B92,C86,C87
`Chr4:40362131`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B52,C16,D3
`Chr4:40362162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B122,B67,C42
`Chr4:40362163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B30,B33
`Chr4:40362253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B18,B42,B69,C64,C66
`Chr4:40362260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B122,B30,B67,C42
`Chr4:40362270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	55	A1,A16,A2,A23,A3,A9,B10,B110,B111,B118,B119,B121,B127,B128,B13,B134,B137,B139,B140,B31,B40,B41,B44,B45,B55,B56,B6,B60,B67,B69,B77,B80,B94,B96,B98,B99,C1,C18,C20,C22,C26,C27,C3,C30,C34,C38,C47,C5,C56,C58,C59,C67,C72,C78,D2
`Chr4:40362286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:40362356`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,D11
`Chr4:40362369`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B122,B67,C42
`Chr4:40362415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B46,C85
`Chr4:40362418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808952.1

265 aa

132

265

MULE

PF10551 MULE 2-52 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808952.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	2	52	1.8e-10	41.7	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952969.1
ATGGAGTCGTATGCATGGGTGTTGGATAGGTTTGTTGATATAATGGGCCATGCACCTCGTTTATTCATTACCGATCAAGATCCAGGACTCAAGAAAGCCGTCGCCTCTTCTTGGAAAGAAACCCGTCACAGGTTTTGCATGTGGCACATAAATACGAAGGTTGCCGAGAAGTTGCCTCAGAAGTTGAGAGAGGATGCCGATTTTAGGGGTATTTATGATGGACTGGTTTGGAATGAGAACATCGATCCAATAGTGTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023429
ATGGAGTCGTATGCATGGGTGTTGGATAGGTTTGTTGATATAATGGGCCATGCACCTCGTTTATTCATTACCGATCAAGATCCAGGACTCAAGAAAGCCGTCGCCTCTTCTTGGAAAGAAACCCGTCACAGGTTTTGCATGTGGCACATAAATACGAAGGTTGCCGAGAAGTTGCCTCAGAAGTTGAGAGAGGATGCCGATTTTAGGGGTATTTATGATGGACTGGTTTGGAATGAGAACATCGATCCAATAGTGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808952.1
MESYAWVLDRFVDIMGHAPRLFITDQDPGLKKAVASSWKETRHRFCMWHINTKVAEKLPQKLREDADFRGIYDGLVWNENIDPIVFEENWNNMIEEYDIASNRWFSDMYEDRAKWIPAFFRDVPMSGFFRTTSMSESENSYFKRFIQKKSDIVLLYTNFCSGLDSQRYNYKQVTHADETRSPMMKTNLPIECNAAAVYINAMFKEVQEQIDCSSRACAMRKMFSDGDDIIYEIEDKLDGLSTVRRLHPHDDVVCSCKLFT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器