Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002529`

染色体: Chr04 坐标: 40362913-40363909 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002529`
名称	SmilChr04G002529
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	40362913 - 40363909 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023430`
GeneID	`131023430`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023430`
原始查询	`SmilChr04G002529`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=31.1; qcov=1.08; evalue=3.39e-31; confidence=low
Rice	`Os01g0852650` - identity=29.6; qcov=1.05; evalue=2.38e-30; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023430

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808953.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808953.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808953.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808953.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808953.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:40362939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C6,D11,D2
`Chr4:40363165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B30,B37,B82
`Chr4:40363169`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr4:40363208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,B82
`Chr4:40363210`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B58,D1
`Chr4:40363250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr4:40363371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr4:40363387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B2
`Chr4:40363420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C21,C29
`Chr4:40363505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,B41
`Chr4:40363514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr4:40363640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808953.1

262 aa

131

262

FAR1

PF03101 FAR1 33-128 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808953.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	33	128	1.1e-16	62.0	FAR1 DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952970.1
ATGAACACTCCAGACAGGGAGCTGTACTTTCCTCAATGTCCGGATTCAATCAAACCTTACCATGGGCAGAAATTTGATACTTTACCACAAGCTCAAGAATTTTACAAGAAATATGCTACAGCGTGTGGTTTCGAGACTCGATTGAGCGCTATACATAGATCAAGCGATGGAACTATTACGTCCCGATATATTGTGTGTAGGAGGCAGGGTGTGTGGCAAAAGGCGAAGGGATCTATTATGCAAGCAAATGAGTCTAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023430
ATGAACACTCCAGACAGGGAGCTGTACTTTCCTCAATGTCCGGATTCAATCAAACCTTACCATGGGCAGAAATTTGATACTTTACCACAAGCTCAAGAATTTTACAAGAAATATGCTACAGCGTGTGGTTTCGAGACTCGATTGAGCGCTATACATAGATCAAGCGATGGAACTATTACGTCCCGATATATTGTGTGTAGGAGGCAGGGTGTGTGGCAAAAGGCGAAGGGATCTATTATGCAAGCAAATGAGTCTAAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808953.1
MNTPDRELYFPQCPDSIKPYHGQKFDTLPQAQEFYKKYATACGFETRLSAIHRSSDGTITSRYIVCRRQGVWQKAKGSIMQANESKAKKRKTTSCKIACMARAVFKLSTGGRYKITEFNEDHTHSMVPVDTRNLMHSNRNVDEFQQRLIISGIKANIGLMRTFRLAKEILGSYDDVGCTGNDFKNFARDLKELGNGFKFFHHVDEDNKLCRQIWADEISIKNYKLFGDAVSFDATYCTNRYKMIFTPFTGRDNHGKCISF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器