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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002539`

染色体: Chr04 坐标: 40658154-40659056 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002539`
名称	SmilChr04G002539
描述	uncharacterized SmilChr04G002539
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	40658154 - 40659056 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023436`
GeneID	`131023436`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023436`
原始查询	`SmilChr04G002539`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=55.2; qcov=0.477; evalue=8.31e-36; confidence=medium
Rice	`Os06g0597250` - identity=55.9; qcov=0.953; evalue=7.31e-115; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808960.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057808960.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808960.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808960.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808960.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:40658163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B55,C81
`Chr4:40658191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B45,C34,C67
`Chr4:40658196`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr4:40658200`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B135
`Chr4:40658215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B68,C62
`Chr4:40658223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr4:40658279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B34,B46
`Chr4:40658281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr4:40658283`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A7,B131,C16,C23,C6,D8
`Chr4:40658308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr4:40658310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	A5,B106,B130,B132,B15,B2,B27,B60,B65,B71,B73,B8,C3,C62,C78
`Chr4:40658328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808960.1

300 aa

150

300

DUF8418

Plant_tran

PF28509 DUF8418 30-69 aa PF04827 Plant_tran 137-300 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808960.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	30	69	9.5e-19	67.6	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057808960.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	137	300	5.1e-72	242.5	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952977.1
ATGACAGTGGCAAGTTCATATCGTTTCGATCCACCTTCACCACGCCCGAGGAAGAAGCGGGCAGTGGTTCGTCGTGACCGTGAAGGTGGAGCCGAGCGCCTCCATCGCGATTATTTCGCCGTCGAGCCTGTTTATGGGCCACAATTCTTTCACCGTCGATTTCGCATGAGCCGGGAGTTGTTTCTACGCATTGTCAATGCGCTAGAAGTCGATCCTTACTTCCAACAACGTCCGGATGCTGTTGGCCGCTTAAGCTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023436
ATGACAGTGGCAAGTTCATATCGTTTCGATCCACCTTCACCACGCCCGAGGAAGAAGCGGGCAGTGGTTCGTCGTGACCGTGAAGGTGGAGCCGAGCGCCTCCATCGCGATTATTTCGCCGTCGAGCCTGTTTATGGGCCACAATTCTTTCACCGTCGATTTCGCATGAGCCGGGAGTTGTTTCTACGCATTGTCAATGCGCTAGAAGTCGATCCTTACTTCCAACAACGTCCGGATGCTGTTGGCCGCTTAAGCTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808960.1
MTVASSYRFDPPSPRPRKKRAVVRRDREGGAERLHRDYFAVEPVYGPQFFHRRFRMSRELFLRIVNALEVDPYFQQRPDAVGRLSFSPIQKCTAAVRQLAYGTSADCCDEYLRIGESTALECLKKFCKAVVRIFGGTYLRQPTTTDVQRITAMHEARHGFPGMLGSLDCMHWGWKNCPVAWHGAYTRGDQGEPTIILEAVASQDLWIWHAFFGVAGCNNDINVIHQSTLFNDVLAGHEAAVHFLANNSHHTRGYYLTDGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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