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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002579

染色体: Chr04 坐标: 41157445-41162504 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002579
名称SmilChr04G002579
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41157445 - 41162504 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021688
GeneID131021688
locus_tag-
NCBI NameLOC131021688
原始查询SmilChr04G002579

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G19191 (AT4G19191)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240220]
identity=49; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0781100
-
identity=34.4; qcov=0.969; evalue=7.22e-124; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021688

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806923.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806923.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806923.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806923.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806923.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:41157803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,C39,C42,C80
Chr4:41157863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:41157917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:41158055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr4:41158155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:41158194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B51,B89,C86
Chr4:41158531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B73,C48,C50
Chr4:41158555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr4:41158646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C22
Chr4:41158671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B110
Chr4:41158705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:41158813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806923.1
639 aa
N
1
320
639
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 9-35 aa PF01535 PPR 81-106 aa PF01535 PPR 111-137 aa PF01535 PPR 213-243 aa PF01535 PPR 286-312 aa PF13041 PPR_2 314-359 aa PF01535 PPR 315-344 aa PF13041 PPR_2 414-460 aa PF13812 PPR_3 414-460 aa PF01535 PPR 416-446 aa PF01535 PPR 451-477 aa PF01535 PPR 488-512 aa PF20431 E_motif 531-592 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 9 35 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 81 106 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 111 137 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 213 243 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 286 312 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 314 359 3.8e-59 197.3 PPR repeat family
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 315 344 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 414 460 3.8e-59 197.3 PPR repeat family
XP_057806923.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 414 460 1.8e-23 83.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 416 446 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 451 477 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 488 512 6.3e-51 167.8 PPR repeat
XP_057806923.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 531 592 7.8e-15 55.6 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950940.1
TAATTATAGATAGATTTCATTTGTTAGCGGTTAAAACTTGTTGAAAATTTTTGAACTATGAAAATTTCCAGTTTGCGTGTGGGTAGATTGATTTGCATCAATCCATACAACAAACATTTTCATTTAAATCACATCAAGCATCTCATCTCCTCTGACTGATATTACACACCTCAAATACTTCGAAATTCATCAAGAAAACTGGAAGCTTGCGGATGAGCTGCGTTGCGGTTGAGAGATGATCATTCTGTTATGAACCGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021688
ATGCTCAACCGATTTTCAGTTGCCTCATGGAATTCCTGCATAAGGCAATCAGTTTACAGTGGCTATTTTCGGAAGGCGATTCTTCTCTTCACCCAAATGAAAAATCAATCTTATTTATATCCCGACAATCTAACCTTTCCTTTCGTTGCAAAAGCATGCGCAAAACTATCAGACCTCAAACTGTCAACGATGATCCATGCCCACATTGTTAAAACGCCCTACTGTTGGGATGTATATGTGCATACTGCACTAGTTGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806923.1
MLNRFSVASWNSCIRQSVYSGYFRKAILLFTQMKNQSYLYPDNLTFPFVAKACAKLSDLKLSTMIHAHIVKTPYCWDVYVHTALVDMYVKCGRLGCAQQMFDEMPVCDVASWNALVVGFARAGVFDRVSLLFNRMRAARVVPDAVTLMGLTHLLSGMKDSMLLGGVHCFGMKCGLEKDVLVANTLIAGYAKCRDLCSAEKVFLGIALDCLSVVSWNAMIAGFAYFEEWLKAIKVYIRMLRDGFRPDASTILNLLSSMAQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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