Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002596

染色体: Chr04 坐标: 41390334-41391570 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002596
名称SmilChr04G002596
描述uncharacterized SmilChr04G002596
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41390334 - 41391570 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023447
GeneID131023447
locus_tag-
NCBI NameLOC131023447
原始查询SmilChr04G002596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
产物Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G29090 (AT4G29090)
Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]
identity=33.3; qcov=0.501; evalue=5.32e-26; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=32.8; qcov=0.337; evalue=1.36e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023447

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808970.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808970.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808970.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808970.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:41390337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:41390405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,C13
Chr4:41390416 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 B115,B125,B2,B50,B65,B78,B79,B81,B82,C2,C41,C42,C44,C6,C60
Chr4:41390420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C57
Chr4:41390460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:41390506 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 B10,B34,B5,B53,B75,B85,C36,C38,C73,C74,C76,C8,D8
Chr4:41390525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B68,C48
Chr4:41390655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:41390690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr4:41390745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr4:41390781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr4:41390803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B38,B39,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952987.1
ATGGATGAAATGGAACGCATGTTGAATTCGTTCTGGTGGGGGAATAAAGGTGGAGCTAGTAGAGGTATCAACTGGATGAAGTGGGAGAGGTTTTGTGTTGATAAGAAGCTTGGCGGTCTTGGGTTCCGGAGTTTACAACTCCTTAACATGGTTACGCTTGGCAAAATGGGGTGGCGCCTTATTGATGAACCGGACGCACTTATGTGTAAAGTTTTAAAAGTTAAGTACTTCCCTACTAGCGATTTCCTTAGTGCTCGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023447
ATGGATGAAATGGAACGCATGTTGAATTCGTTCTGGTGGGGGAATAAAGGTGGAGCTAGTAGAGGTATCAACTGGATGAAGTGGGAGAGGTTTTGTGTTGATAAGAAGCTTGGCGGTCTTGGGTTCCGGAGTTTACAACTCCTTAACATGGTTACGCTTGGCAAAATGGGGTGGCGCCTTATTGATGAACCGGACGCACTTATGTGTAAAGTTTTAAAAGTTAAGTACTTCCCTACTAGCGATTTCCTTAGTGCTCGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808970.1
MDEMERMLNSFWWGNKGGASRGINWMKWERFCVDKKLGGLGFRSLQLLNMVTLGKMGWRLIDEPDALMCKVLKVKYFPTSDFLSARIGHSLSFTWRSILTAQDLVRREVRWQIGDGTKVRIFHDPWLRRDEDFRLALVSPTFMNNLLVHDLMIPGTRRWDVDFLQVIVDDVDLREIDLQVGECAICRGGFENLCHSFFHCPFADECWRVSNLQDFIESIIDRCDSFKQALFKIVDEKNGELKASICMLLWQIWRDRNIVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器