当前解析结果
SmilChr04G002615| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002615 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002615 |
| 描述 | protein CPR-5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 41563895 - 41568898 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021730 |
|---|---|
| GeneID | 131021730 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021730 |
| 原始查询 | SmilChr04G002615 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein CPR-5-like |
| 产物 | protein CPR-5-like |
| Arabidopsis | AT5G64930 (CPR5)CPR5 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836617] identity=35; qcov=0.863; evalue=2.59e-96; confidence=low |
| Rice | Os02g0770100- identity=45.4; qcov=0.568; evalue=1.8e-86; confidence=medium |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0010090 (trichome morphogenesis); GO:0010150 (leaf senescence) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28583 (CPR5_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021730 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus membrane | 核膜 | 1.00000 | XP_057806990.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057806990.1 |
| 3 | Nucleus inner membrane | Nucleus inner membrane | 0.60000 | XP_057806990.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057806990.1 |
| 5 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057806990.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:41566419 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr4:41567040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A1 |
Chr4:41568543 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806990.1PF28583
CPR5_C 320-597 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806990.1 |
Pfam | PF28583 |
CPR5_C | Domain | 320 | 597 | 5.5e-138 | 459.5 | Protein CPR-5 C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。