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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002615

染色体: Chr04 坐标: 41563895-41568898 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002615
名称SmilChr04G002615
描述protein CPR-5-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41563895 - 41568898 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021730
GeneID131021730
locus_tag-
NCBI NameLOC131021730
原始查询SmilChr04G002615

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CPR-5-like
产物protein CPR-5-like
ArabidopsisAT5G64930 (CPR5)
CPR5 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836617]
identity=35; qcov=0.863; evalue=2.59e-96; confidence=low
RiceOs02g0770100
-
identity=45.4; qcov=0.568; evalue=1.8e-86; confidence=medium
GOGO:0006952 (defense response); GO:0010090 (trichome morphogenesis); GO:0010150 (leaf senescence)
KEGG-
PfamPF28583 (CPR5_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 1.00000 XP_057806990.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057806990.1
3 Nucleus inner membrane Nucleus inner membrane 0.60000 XP_057806990.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057806990.1
5 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057806990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:41566419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr4:41567040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr4:41568543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806990.1
606 aa
N
1
303
606
CPR5_C
C
PF28583 CPR5_C 320-597 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806990.1 Pfam PF28583 CPR5_C Domain 320 597 5.5e-138 459.5 Protein CPR-5 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951007.1
TTTTATTAGACCGAATTTCAAATCAGAAACCCCCCAATAGTTTCCAATGGATGCCCCTCTCCACCGCCACGCCACATCACCGGACAGCTGTGCCGCCGAAGATCCGGCGGTCATGATGTCAACCAGCCACACAATCGACGCCCCGCAACCAACATCGAGAAGAAAGATTAATAAGAAGAAACAGACAGTAGTTTCGGACAATGCATCATTAGAGTCTTCGAGTAATTGTAGCTCTGCGGCCTCGTATTCGAAAAAGGGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021730
ATGGATGCCCCTCTCCACCGCCACGCCACATCACCGGACAGCTGTGCCGCCGAAGATCCGGCGGTCATGATGTCAACCAGCCACACAATCGACGCCCCGCAACCAACATCGAGAAGAAAGATTAATAAGAAGAAACAGACAGTAGTTTCGGACAATGCATCATTAGAGTCTTCGAGTAATTGTAGCTCTGCGGCCTCGTATTCGAAAAAGGGTATCAAGATTCCTAGAAATCCTAAAAGAATTCGCGTCGGGCCGCTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806990.1
MDAPLHRHATSPDSCAAEDPAVMMSTSHTIDAPQPTSRRKINKKKQTVVSDNASLESSSNCSSAASYSKKGIKIPRNPKRIRVGPLTAGPRNVGLSDVDALGLPLGMSIAAVVAQVLEKKNAAGKKISVDYLSAICGLAVRESIGNVFGDKFNNLVTNFETSFRSTLTTLQLISCSSQNDGEKLQGARFVGCSCSVTSNMTCGDTYKDSACPPEATEKESCVHANITKRQQVSGYQDSTSESSNLSSHFRIGDMACLSSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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