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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002619`

染色体: Chr04 坐标: 41600929-41605099 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002619`
名称	SmilChr04G002619
描述	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	41600929 - 41605099 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021734`
GeneID	`131021734`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021734`
原始查询	`SmilChr04G002619`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 2-like
产物	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 2-like
Arabidopsis	`AT1G50670` (AT1G50670) OTU-like cysteine protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841489] identity=82.2; qcov=1; evalue=5.07e-132; confidence=high
Rice	`Os02g0164800` - identity=81.9; qcov=0.399; evalue=1.68e-46; confidence=low
GO	GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030968 (endoplasmic reticulum unfolded protein response)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02338 (OTU); PF24560 (zf-C2H2_OTU1_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021734

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806997.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806997.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806997.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806997.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806997.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:41602445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C24
`Chr4:41604756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr4:41604763`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	33	A11,A5,B101,B104,B105,B134,B139,B20,B22,B24,B32,B36,B40,B45,B53,B65,B67,B68,B69,B83,B91,B93,B99,C20,C42,C5,C51,C68,C87,D10,D5,D7,D8
`Chr4:41604892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B44,B59,C81,D2
`Chr4:41604902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806997.1

208 aa

104

208

OTU

zf-C2H2_OTU1_C

PF02338 OTU 12-106 aa PF24560 zf-C2H2_OTU1_C 173-207 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806997.1`	Pfam	`PF02338`	OTU	Domain	12	106	1.4e-09	39.2	OTU-like cysteine protease
`XP_057806997.1`	Pfam	`PF24560`	zf-C2H2_OTU1_C	Domain	173	207	1.6e-21	76.4	Ubiquitin thioesterase OTU1, C-terminal C2H2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951014.1
TAAAAGTCTAAACAAGAAATCAATCCATGGCAACACCAACAGCTGAGATAATTTCATTTCACGCAAATTTAAAAATTTTCTTACCATTTTCCCTTTCCTTTTCCGCTTTTATTAATTGAAAAATCCAAAAACCGTTGCGTAACGGTGCCTGTCATTCCATTATAAAACCATTGCATTTATTTGGCAGAGTTGCCCTTTAGCTTTATTTGCTTTTGCAGACTCCACGCAACAACATTCGGTTGGGGTGCAGCCCACACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021734
ATGGAAGGTATCGTTGTTAGGAGAGTTATCGCTTCTGATAACAGTTGCCTCTTCAATGCAGTAGGTTATGTCATGGATCATGACAGAAACAAGGCTTCCGAGCTGAGACAGGTTATAGCAGCGACAGTTGCCAGTGATCCAGAGAAGTATTCCGAAGCATTCCTTGGAAAGACTAATGAAGAGTACTGTGCATGGATTCTAAACCCAGAAAAGTGGGGAGGTGCTATTGAGCTTGCAATATTGGCTGATTATTATGGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806997.1
MEGIVVRRVIASDNSCLFNAVGYVMDHDRNKASELRQVIAATVASDPEKYSEAFLGKTNEEYCAWILNPEKWGGAIELAILADYYGREIAAYDIQTTRCDLYGQEKKFAERAMLIYDGLHYDALAMSPSEGAPEEFDQTIFTVQMDRTVGPVERLALNLVRDQQRKRSYTDTANFTLRCGVCQIGVVGQKEAVEHAQATGHVNFQEFK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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