当前解析结果
SmilChr04G002626| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002626 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002626 |
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO2 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 41680936 - 41681589 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023450 |
|---|---|
| GeneID | 131023450 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023450 |
| 原始查询 | SmilChr04G002626 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO2 |
| 产物 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO2 |
| Arabidopsis | AT4G20140 (GSO1)Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760] identity=57.2; qcov=0.668; evalue=2.71e-42; confidence=medium |
| Rice | Os07g0498400- identity=46.8; qcov=0.65; evalue=2.13e-26; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023450 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057808973.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057808973.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057808973.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057808973.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808973.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:41680938 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 124 | A1,A11,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A24,A3,A5,A8,B1,B10,B101,B102,B103,B104,B108,B109,B110,B111,B112,B114,B115,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B132,B133,B135,B137,B14,B16,B18,B2,B20,B24,B25,B26,B35,B38,B39,B4,B43,B45,B46,B47,B48,B5,B51,B53,B56,B57,B58,B59,B60,B63,B64,B66,B68,B7,B71,B72,B74,B76,B80,B82,B84,B85,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B96,B99,C10,C16,C17,C2,C22,C25,C26,C28,C3,C30,C32,C35,C4,C43,C46,C47,C49,C50,C53,C63,C64,C66,C67,C68,C71,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C83,C84,C85,C86,C87,D11,D5,D6,D7,D8,D9 |
Chr4:41680950 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A1,A8,B47,C78 |
Chr4:41680950 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A1,A8,B47,C78 |
Chr4:41680958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,C2 |
Chr4:41680962 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:41680992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,C35 |
Chr4:41680994 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B59,C57,C81,D11 |
Chr4:41680998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B27,B44,C58,D2 |
Chr4:41681053 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr4:41681072 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C58 |
Chr4:41681075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr4:41681098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808973.1PF00560
LRR_1 67-89 aa
PF00560
LRR_1 115-137 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808973.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 67 | 89 | 1.4e-08 | 33.9 | Leucine Rich Repeat |
XP_057808973.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 115 | 137 | 1.4e-08 | 33.9 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。