Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002627`

染色体: Chr04 坐标: 41689656-41691844 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002627`
名称	SmilChr04G002627
描述	RNA-binding protein P-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	41689656 - 41691844 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021741`
GeneID	`131021741`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021741`
原始查询	`SmilChr04G002627`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-binding protein P-like
产物	RNA-binding protein P-like
Arabidopsis	`AT3G56860` (UBA2A) UBP1-associated protein 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824853] identity=49.1; qcov=0.576; evalue=1.32e-69; confidence=medium
Rice	`Os01g0265800` (RBP-P) - identity=51.7; qcov=0.591; evalue=4.33e-72; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021741

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807005.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807005.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807005.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807005.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807005.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:41690695`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B97,C16,C68
`Chr4:41690695`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B97,C16,C68
`Chr4:41690696`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B97,C16,C68
`Chr4:41690696`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B97,C16,C68
`Chr4:41690912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,B70
`Chr4:41691375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr4:41691482`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B77
`Chr4:41691482`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B77
`Chr4:41691539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807005.1

406 aa

203

406

RRM_1

PF00076 RRM_1 97-164 aa PF00076 RRM_1 198-266 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807005.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	97	164	1.4e-26	92.8	RNA recognition motif
`XP_057807005.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	198	266	1.4e-26	92.8	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951022.1
AAAGAATATATAGGCAGATAAACTTGATATCTATTGGAGTATTTTTTTGGGAATTAGTTTTATCGATATATTAATCCGTTTTTGTAGAGCAGCTTCATCGGCATCGCGATACGAATGGCGAAAACCAAAGCGAGGAAACGAAAACCCTCGAAGAAGTCGGAGGCGGCGCCTACAACTCCTAAAATCTGCAAAAAAATCAAGAAGCAGAAGAAATCCAAGCTCCCTAAATCAGAACCCCACGATTCAGACTCAGATTCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021741
ATGGCGAAAACCAAAGCGAGGAAACGAAAACCCTCGAAGAAGTCGGAGGCGGCGCCTACAACTCCTAAAATCTGCAAAAAAATCAAGAAGCAGAAGAAATCCAAGCTCCCTAAATCAGAACCCCACGATTCAGACTCAGATTCCGATCCCAATACCAAAATCCAAACCCTACTAGAACCTTTGTCCAAGGACCAGCTCATTGCTCTCGTAATAGACCTCTCCTCTTCCAACGACCAACTCCGCTCCCTCGTCAAATCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807005.1
MAKTKARKRKPSKKSEAAPTTPKICKKIKKQKKSKLPKSEPHDSDSDSDPNTKIQTLLEPLSKDQLIALVIDLSSSNDQLRSLVKSAADQDIGHRKIFVHGLGWDASRELLEPVFRAYGEIEELNVVSDRATGKCKGYGFITFKSMKSAKKLLKTPTIQVGNRVTSCQLASEGPPGPATAGIVSKKQFSASDYPQRKIYVSNVPLNASPEKLRVFFEKFGEIENGPKGMDPTTGRFKGYAIFVFKTLEGAKKVLEEPVKF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器