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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002632

染色体: Chr04 坐标: 41728798-41730700 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002632
名称SmilChr04G002632
描述ferredoxin-3, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41728798 - 41730700 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021745
GeneID131021745
locus_tag-
NCBI NameLOC131021745
原始查询SmilChr04G002632

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ferredoxin-3, chloroplastic-like
产物ferredoxin-3%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G27510 (FD3)
ferredoxin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817297]
identity=75.3; qcov=0.99; evalue=2.91e-52; confidence=high
RiceOs03g0835900 (OsFd3)
-
identity=80.6; qcov=1; evalue=3.08e-56; confidence=high
GOGO:0009055 (electron transfer activity); GO:0009536 (plastid); GO:0022900 (electron transport chain); GO:0051537 (2 iron, 2 sulfur cluster binding)
KEGGsmil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00111 (Fer2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021745

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057807010.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057807010.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057807010.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807010.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807010.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807010.1
98 aa
N
1
49
98
Fer2
C
PF00111 Fer2 11-84 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807010.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 11 84 1.5e-22 80.0 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101052.1
AGTAAACGAAAGGAAGGGGCTGAGCTAAGCAGGAGGTTGGCGGCACCATTTTTAGGGTATTCCTCTCTCTCATAAATATTAACGGCACTGCCCTGCTGCGCTGCACCCAACTCAAAGAGGCGTTGCGTCTTTCTCTCTCACTTCACAGCTTCAGTGGAGCTTCGAGTGAAGGGCATGGCGCCATGTGCTCGCTCTTCTCATAATGCTCCAAACATCTAACGCTTCGTTGCTGTGAAAATGGATGACCAAATCTGGCTTCC...
XM_057951027.1
AGTAAACGAAAGGAAGGGGCTGAGCTAAGCAGGAGGTTGGCGGCACCATTTTTAGGGTATTCCTCTCTCTCATAAATATTAACGGCACTGCCCTGCTGCGCTGCACCCAACTCAAAGAGGCGTTGCGTCTTTCTCTCTCACTTCACAGCTTCAGGAGAACGGAACATGGCAACTGCAAGGGCTTCCCACAGTTTCCATCTTTGGAAGTGCGCCTCGATGCCAAACCACAAGCGCCTTTGTCAAGATACCGTCCTCTCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021745
ATGGCTGTGTACAAGGTGAAATTGGTTGGGCCGGATGGTGCTGAGTGCGAGTTTGAGGCACCCGACGACTGCTACATCCTCGACTCTGCTGAGTCAGCTGGAGTTGAACTCCCATACTCATGCAGGGCTGGAGCATGCTCCACCTGTGCTGGGAAAATGGTGTCGGGGGCTGTCGACCAGTCTGATGGCTCGTTCCTAGACGACAAACAGATGCAGGAGGGCTACCTGCTGACCTGCGTTTCCTACCCGACTTCAGACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807010.1
MAVYKVKLVGPDGAECEFEAPDDCYILDSAESAGVELPYSCRAGACSTCAGKMVSGAVDQSDGSFLDDKQMQEGYLLTCVSYPTSDCVIHTHKESDLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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