当前解析结果
SmilChr04G002659| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002659 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002659 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002659 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 41982895 - 41984061 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023458 |
|---|---|
| GeneID | 131023458 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023458 |
| 原始查询 | SmilChr04G002659 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=40.6; qcov=0.366; evalue=8.49e-30; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023458 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808982.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057808982.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057808982.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808982.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808982.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:41982906 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr4:41982997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A5 |
Chr4:41982997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr4:41983001 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B123,B140,C33,C74 |
Chr4:41983001 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B123,B140,C33,C74 |
Chr4:41983018 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B47,C34,C63,C64,C82 |
Chr4:41983018 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B47,C34,C63,C64,C82 |
Chr4:41983023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A18,B106,B123,B140,B16,B67,B92,C20,C33,C51,C60,C68,C74,C87 |
Chr4:41983032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr4:41983046 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B51,D4 |
Chr4:41983046 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B51,D4 |
Chr4:41983053 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。