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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002660

染色体: Chr04 坐标: 42011446-42016867 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002660
名称SmilChr04G002660
描述ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 23-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向42011446 - 42016867 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021769
GeneID131021769
locus_tag-
NCBI NameLOC131021769
原始查询SmilChr04G002660

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 23-like
产物ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 23-like
ArabidopsisAT5G57990 (UBP23)
ubiquitin-specific protease 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835910]
identity=59.6; qcov=0.528; evalue=0; confidence=medium
RiceOs06g0184300 (BIP110)
-
identity=60.7; qcov=0.486; evalue=2.29e-180; confidence=medium
GOGO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG-
PfamPF00443 (UCH); PF13423 (UCH_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021769

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807034.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057807037.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807034.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807034.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807034.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:42013680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr4:42013821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B28,B58
Chr4:42013871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B81,C6,C73,C86
Chr4:42014564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,A2,B91
Chr4:42014597 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr4:42014884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:42014951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:42015108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:42015211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,A2,B91
Chr4:42015375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B125,B140,B30,B44
Chr4:42015394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C13
Chr4:42015429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807034.1
926 aa
N
1
463
926
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 94-377 aa PF00443 UCH 94-395 aa
XP_057807035.1
922 aa
N
1
461
922
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 94-377 aa PF00443 UCH 94-395 aa
XP_057807036.1
919 aa
N
1
460
919
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 94-377 aa PF00443 UCH 94-395 aa
XP_057807037.1
915 aa
N
1
458
915
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 94-377 aa PF00443 UCH 94-395 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807034.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 94 377 8.7e-20 72.3 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057807034.1 Pfam PF00443 UCH Family 94 395 2e-65 221.6 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057807035.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 94 377 8.7e-20 72.3 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057807035.1 Pfam PF00443 UCH Family 94 395 2e-65 221.7 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057807036.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 94 377 2e-19 71.1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057807036.1 Pfam PF00443 UCH Family 94 395 1.9e-65 221.7 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057807037.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 94 377 2e-19 71.1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057807037.1 Pfam PF00443 UCH Family 94 395 1.9e-65 221.7 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951052.1
ATATGTAATGTAAACCCTAGGCATTCATAACATACACCTCAGCGCGATCCAATCAAACGTGCGCTTAATCTCCGCCGCTAACATACACTGCCAATGTAAGGTTTAATCGCTCACTCGTCGCCGACATTATCGAAAGCTTAATTTCTTGATTCATTCACGCTTTCATCTTTTATTTGTGCGTGAGATTGTGCTGCAAAATCTATATCGAAATCCACAAACTTCTTTTTAGAGAATTTATGTGTTTTTGAGGTGCAAGAGAG...
XM_057951053.1
AGGCATTCATAACATACACCTCAGCGCGATCCAATCAAACGTGCGCTTAATCTCCGCCGCTAACATACACTGCCAATGTAAGGTTTAATCGCTCACTCGTCGCCGACATTATCGAAAGCTTAATTTCTTGATTCATTCACGCTTTCATCTTTTATTTGTGCGTGAGATTGTGCTGCAAAATCTATATCGAAATCCACAAACTTCTTTTTAGAGAATTTATGTGTTTTTGAGGTGCAAGAGAGGTGTTTGGAGCTCGATTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021769
ATGGCGGAAACGGCGACGACGATGATCAGTTCGAATGGGGTGGGCAGGACTGAACCGGAGTTCGATTCGGTGGCGTTGTTCCATAGGAGGATTGAGTTCCATCAAGCTCAGAAGCATTTCAATGGTTTTGTAAACGAGAGCAGCAATGGGTTTAAGCTGGTGAAGCTGAACTCGGTCAAGGCTTCCGGTTTCGCCCCTAAAAACGAAAAATCATTGGAGCATTCTGATGTCGGGATGGATCCTGAGCTCAGCTTCGAGAT...
LOC131021769
ATGGCGGAAACGGCGACGACGATGATCAGTTCGAATGGGGTGGGCAGGACTGAACCGGAGTTCGATTCGGTGGCGTTGTTCCATAGGAGGATTGAGTTCCATCAAGCTCAGAAGCATTTCAATGGTTTTGTAAACGAGAGCAGCAATGGGTTTAAGCTGGTGAAGCTGAACTCGGTCAAGGCTTCCGGTTTCGCCCCTAAAAACGAAAAATCATTGGAGCATTCTGATGTCGGGATGGATCCTGAGCTCAGCTTCGAGAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807034.1
MAETATTMISSNGVGRTEPEFDSVALFHRRIEFHQAQKHFNGFVNESSNGFKLVKLNSVKASGFAPKNEKSLEHSDVGMDPELSFEITFRRIGAGLRNLGNTCFLNSVLQCLTYTAPLAAYLQSGKHQNSCRTAGFCALCAIQEHVSRALQSSGRILEPKDLVSNLRCISRSFRNARQEDAHEFMVNLLESMHKCCLPCGVPSESPSAYEKSLVHKIFGGRLRSQVKCMQCSYCSNKFDPFLDLSLEIQKADSLYKALAH...
XP_057807035.1
MAETATTMISSNGVGRTEPEFDSVALFHRRIEFHQAQKHFNGFVNESSNGFKLVKLNSVKASGFAPKNEKSLEHSDVGMDPELSFEITFRRIGAGLRNLGNTCFLNSVLQCLTYTAPLAAYLQSGKHQNSCRTAGFCALCAIQEHVSRALQSSGRILEPKDLVSNLRCISRSFRNARQEDAHEFMVNLLESMHKCCLPCGVPSESPSAYEKSLVHKIFGGRLRSQVKCMQCSYCSNKFDPFLDLSLEIQKADSLYKALAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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