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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002677

染色体: Chr04 坐标: 42208264-42211991 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002677
名称SmilChr04G002677
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向42208264 - 42211991 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021784
GeneID131021784
locus_tag-
NCBI NameLOC131021784
原始查询SmilChr04G002677

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6-like
ArabidopsisAT1G52520 (FRS6)
FAR1-related sequence 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841683]
identity=67.3; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0608300
-
identity=40.7; qcov=0.936; evalue=1.4e-149; confidence=medium
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF03101 (FAR1); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807055.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057807057.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807055.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807055.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807055.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:42209564 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C70
Chr4:42209564 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C70
Chr4:42209630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:42210249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:42210272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B117,B35,B7,C23
Chr4:42210351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807055.1
669 aa
N
1
334
669
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 59-142 aa PF10551 MULE 261-354 aa PF04434 SWIM 557-581 aa
XP_057807056.1
669 aa
N
1
334
669
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 59-142 aa PF10551 MULE 261-354 aa PF04434 SWIM 557-581 aa
XP_057807057.1
640 aa
N
1
320
640
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 37-113 aa PF10551 MULE 232-325 aa PF04434 SWIM 528-552 aa
XP_057807059.1
640 aa
N
1
320
640
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 37-113 aa PF10551 MULE 232-325 aa PF04434 SWIM 528-552 aa
XP_057807060.1
640 aa
N
1
320
640
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 37-113 aa PF10551 MULE 232-325 aa PF04434 SWIM 528-552 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807055.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 59 142 1.1e-21 78.1 FAR1 DNA-binding domain
XP_057807055.1 Pfam PF10551 MULE Domain 261 354 1.1e-30 106.6 MULE transposase domain
XP_057807055.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 557 581 0.00017 21.8 SWIM zinc finger
XP_057807056.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 59 142 1.1e-21 78.1 FAR1 DNA-binding domain
XP_057807056.1 Pfam PF10551 MULE Domain 261 354 1.1e-30 106.6 MULE transposase domain
XP_057807056.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 557 581 0.00017 21.8 SWIM zinc finger
XP_057807057.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 37 113 5.8e-18 66.1 FAR1 DNA-binding domain
XP_057807057.1 Pfam PF10551 MULE Domain 232 325 9.9e-31 106.7 MULE transposase domain
XP_057807057.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 528 552 0.00016 21.8 SWIM zinc finger
XP_057807059.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 37 113 5.8e-18 66.1 FAR1 DNA-binding domain
XP_057807059.1 Pfam PF10551 MULE Domain 232 325 9.9e-31 106.7 MULE transposase domain
XP_057807059.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 528 552 0.00016 21.8 SWIM zinc finger
XP_057807060.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 37 113 5.8e-18 66.1 FAR1 DNA-binding domain
XP_057807060.1 Pfam PF10551 MULE Domain 232 325 9.9e-31 106.7 MULE transposase domain
XP_057807060.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 528 552 0.00016 21.8 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951077.1
TAACTGAGTTGCAGCCCAAAATCCCAAAGAGGGCAGCCCCTCTGATTCATTCTCTTAGATCATCTTCACCGCTAATTAGCTCAATTCTTTGAGTAACAAAACTCTGCTTCTTTTTTTTTGGATTCATTACGGTTTTTTATTTTAATCTTAATTAAAGGAGGAAGGGTTCGGACCCTCGCTAATTCATCTTCTGTTTCGCTTCCGCATTTTCCCGCAATTTTCCAGACCCTACCTGCGAGATAATTTCTGATGAGTGTGGA...
XM_057951073.1
TAACTGAGTTGCAGCCCAAAATCCCAAAGAGGGCAGCCCCTCTGATTCATTCTCTTAGATCATCTTCACCGCTAATTAGCTCAATTCTTTGAGTAACAAAACTCTGCTTCTTTTTTTTTGGATTCATTACGGTTTTTTATTTTAATCTTAATTAAAGGAGGAAGGGTTCGGACCCTCGCTAATTCATCTTCTGTTTCGCTTCCGCATTTTCCCGCAATTTTCCAGACCCTACCTGCGAGATAATTTCTGATGAGTGTGGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131021784
ATGAGTGTGGAAGAAATGTCCCTTCATACTGAGAGAACCACAGAAGAAGTAAGCTGTGCTACTCTGCTAACCAATGGTCAAAATGGCATTCTTGAGGACAATACTTGTGAAGAGGCAGGATTTAACGTGAGAGTGAAAAACTCGTGGTTTAAAAGAAATAGCAGAGAGAAGTATGGTGCTGTCTTATGCTGCAGTAGCCAGGGGTTCAAAAGAGTAAAGGATGTGAACCACCTGCGGAAGGAAACAAGAACTGGTTGTCC...
LOC131021784
ATGAGTGTGGAAGAAATGTCCCTTCATACTGAGAGAACCACAGAAGAAGTAAGCTGTGCTACTCTGCTAACCAATGGTCAAAATGGCATTCTTGAGGACAATACTTGTGAAGAGGCAGGATTTAACGTGAGAGTGAAAAACTCGTGGTTTAAAAGAAATAGCAGAGAGAAGTATGGTGCTGTCTTATGCTGCAGTAGCCAGGGGTTCAAAAGAGTAAAGGATGTGAACCACCTGCGGAAGGAAACAAGAACTGGTTGTCC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057807055.1
MSVEEMSLHTERTTEEVSCATLLTNGQNGILEDNTCEGRKEFVAPAMGMEFESYDDAYNYYNCYATEAGFNVRVKNSWFKRNSREKYGAVLCCSSQGFKRVKDVNHLRKETRTGCPAMMRMRLVDSKRWRVLEVTLEHNHLLGAKIHKSNKKVGSGTKRKFLSNPDTEIQPIKLYRALVIDAGSDGNSNFNQKLAKTPSDQTNKLNLRKGDTQAMYNYLCRVQLTNPNFFYLVDLNDEGGMRNVFWADARSRAANVYFGD...
XP_057807056.1
MSVEEMSLHTERTTEEVSCATLLTNGQNGILEDNTCEGRKEFVAPAMGMEFESYDDAYNYYNCYATEAGFNVRVKNSWFKRNSREKYGAVLCCSSQGFKRVKDVNHLRKETRTGCPAMMRMRLVDSKRWRVLEVTLEHNHLLGAKIHKSNKKVGSGTKRKFLSNPDTEIQPIKLYRALVIDAGSDGNSNFNQKLAKTPSDQTNKLNLRKGDTQAMYNYLCRVQLTNPNFFYLVDLNDEGGMRNVFWADARSRAANVYFGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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