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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002716

染色体: Chr04 坐标: 42793194-42809721 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002716
名称SmilChr04G002716
描述ABC transporter D family member 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向42793194 - 42809721 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021820
GeneID131021820
locus_tag-
NCBI NameLOC131021820
原始查询SmilChr04G002716

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter D family member 1
产物ABC transporter D family member 1
ArabidopsisAT4G39850 (ABCD1)
peroxisomal ABC transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830144]
identity=75.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0107600 (OsABCD3)
-
identity=74; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005324 (long-chain fatty acid transmembrane transporter activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0006635 (fatty acid beta-oxidation); GO:0007031 (peroxisome organization); GO:0015910 (long-chain fatty acid import into peroxisome); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0042760 (very long-chain fatty acid catabolic process); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGGsmil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00005 (ABC_tran); PF06472 (ABC_membrane_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021820

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057807091.1
2 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 1.00000 XP_057807091.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057807091.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807091.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807091.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:42795148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:42795212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,D11
Chr4:42795259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr4:42795696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr4:42799158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr4:42799592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:42799619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr4:42805050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr4:42805274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr4:42805281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:42807133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:42807428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807091.1
1333 aa
N
1
666
1333
ABC_membrane_2
ABC_tran
ABC_membrane_2
ABC_tran
C
PF06472 ABC_membrane_2 93-361 aa PF00005 ABC_tran 465-610 aa PF06472 ABC_membrane_2 745-1011 aa PF00005 ABC_tran 1119-1279 aa
XP_057807092.1
1333 aa
N
1
666
1333
ABC_membrane_2
ABC_tran
ABC_membrane_2
ABC_tran
C
PF06472 ABC_membrane_2 93-361 aa PF00005 ABC_tran 465-610 aa PF06472 ABC_membrane_2 745-1011 aa PF00005 ABC_tran 1119-1279 aa
XP_057807093.1
1333 aa
N
1
666
1333
ABC_membrane_2
ABC_tran
ABC_membrane_2
ABC_tran
C
PF06472 ABC_membrane_2 93-361 aa PF00005 ABC_tran 465-610 aa PF06472 ABC_membrane_2 745-1011 aa PF00005 ABC_tran 1119-1279 aa
XP_057807094.1
1333 aa
N
1
666
1333
ABC_membrane_2
ABC_tran
ABC_membrane_2
ABC_tran
C
PF06472 ABC_membrane_2 93-361 aa PF00005 ABC_tran 465-610 aa PF06472 ABC_membrane_2 745-1011 aa PF00005 ABC_tran 1119-1279 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807091.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 93 361 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807091.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 465 610 8.8e-36 124.2 ABC transporter
XP_057807091.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 745 1011 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807091.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1119 1279 8.8e-36 124.2 ABC transporter
XP_057807092.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 93 361 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807092.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 465 610 8.8e-36 124.2 ABC transporter
XP_057807092.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 745 1011 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807092.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1119 1279 8.8e-36 124.2 ABC transporter
XP_057807093.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 93 361 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807093.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 465 610 8.8e-36 124.2 ABC transporter
XP_057807093.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 745 1011 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807093.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1119 1279 8.8e-36 124.2 ABC transporter
XP_057807094.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 93 361 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807094.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 465 610 8.8e-36 124.2 ABC transporter
XP_057807094.1 Pfam PF06472 ABC_membrane_2 Family 745 1011 1.7e-167 556.3 ABC transporter transmembrane region 2
XP_057807094.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1119 1279 8.8e-36 124.2 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951109.1
AATGAAAGAAATATTAACGTAAATAAAAATAAATTGTAATTGCTCTCAAACCCATTTTTCTCTCTCCCCAAAAGCCATAATTCATCTCTCTCACACTCCCTCCTCTTCCTCCAGAAAATACCTTTCTGGTTGGGCCCGGTTTAATTTAATACGGCTCCTATAGTTCGTTACACCCAACCCAATCAGCTACTCGTACACATACGGAAATTTAGTGTTTGTCGACGGAAAAAGAGAGCAACGACTCACCTGTACTGGTGGGA...
XM_057951110.1
GCTCTCAAACCCATTTTTCTCTCTCCCCAAAAGCCATAATTCATCTCTCTCACACTCCCTCCTCTTCCTCCAGAAAATACCTTTCTGGTTGGGCCCGGTTTAATTTAATACGGCTCCTATAGTTCGTTACACCCAACCCAATCAGCTACTCGTACACATACGGAAATTTAGGTATCTTGATTTTCTGGGATTTAGCTTACTGAATTGCATTCGTTGATTGATTGTATGCAAACTCAACTATACACTGATTTTGATTCAGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021820
ATGCCTTCACTACAGCTTCTACAGCTGACTGAACATGGTCGTGGCCTTCTTTCCTCAAGAAGGAAAGCCCTACTACTTGCCACTAGTATTGTTGCCGTTGGTGGAACTGCTGCAGCTGCTTATGTGCAATCACGAAGTAGGTGTAGAAGGCACAATTCTTTTGGTCATTCCAATGGAGTGGAGGACATTAGAAATGAACAAGACCAGTTAATTGGAAATGATAGGAACGCCAGAACGAGTAAGCAGAGGAGAGGAACTTT...
LOC131021820
ATGCCTTCACTACAGCTTCTACAGCTGACTGAACATGGTCGTGGCCTTCTTTCCTCAAGAAGGAAAGCCCTACTACTTGCCACTAGTATTGTTGCCGTTGGTGGAACTGCTGCAGCTGCTTATGTGCAATCACGAAGTAGGTGTAGAAGGCACAATTCTTTTGGTCATTCCAATGGAGTGGAGGACATTAGAAATGAACAAGACCAGTTAATTGGAAATGATAGGAACGCCAGAACGAGTAAGCAGAGGAGAGGAACTTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807091.1
MPSLQLLQLTEHGRGLLSSRRKALLLATSIVAVGGTAAAAYVQSRSRCRRHNSFGHSNGVEDIRNEQDQLIGNDRNARTSKQRRGTLRSLQVLVAILLSRMGRMGALDILSLLAIAVSRTAVSNRLAKVQGFLFRSAFLRRVPAFLRLIIENILLCFLLSTLNSTSKYITGTLSLRFRKVLTKLTHAQYFQNMVYYKMSHVDGRISNPEQRIASDIPRFCSELSDLVQEDLIAVTDGVLYTWRLCSYASPKYIFWILAYV...
XP_057807092.1
MPSLQLLQLTEHGRGLLSSRRKALLLATSIVAVGGTAAAAYVQSRSRCRRHNSFGHSNGVEDIRNEQDQLIGNDRNARTSKQRRGTLRSLQVLVAILLSRMGRMGALDILSLLAIAVSRTAVSNRLAKVQGFLFRSAFLRRVPAFLRLIIENILLCFLLSTLNSTSKYITGTLSLRFRKVLTKLTHAQYFQNMVYYKMSHVDGRISNPEQRIASDIPRFCSELSDLVQEDLIAVTDGVLYTWRLCSYASPKYIFWILAYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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