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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002718

染色体: Chr04 坐标: 42819954-42820708 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002718
名称SmilChr04G002718
描述uncharacterized SmilChr04G002718
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向42819954 - 42820708 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021821
GeneID131021821
locus_tag-
NCBI NameLOC131021821
原始查询SmilChr04G002718

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836627]; symbol=AT5G65030; hit=AT5G65030; species=arabidopsis; confidence=medium
产物nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836627]; symbol=AT5G65030; hit=AT5G65030; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G65030 (AT5G65030)
nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836627]
identity=37.2; qcov=1.03; evalue=1.55e-34; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021821

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057807095.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057807095.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057807095.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057807095.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:42820104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C69
Chr4:42820206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr4:42820249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B105,B135,C74
Chr4:42820330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C85
Chr4:42820462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C11,C69
Chr4:42820540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:42820555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:42820573 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 169 A10,A11,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A24,A3,A4,A5,A8,A9,B1,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B126,B13,B130,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B22,B23,B25,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B48,B49,B50,B52,B55,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B70,B71,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B82,B83,B84,B87,B9,B91,B93,B95,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C24,C25,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C53,C54,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C72,C74,C77,C78,C8,C80,C81,C84,C85,C86,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D6,D8
Chr4:42820575 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 32 A10,A2,A20,A8,B1,B103,B13,B139,B14,B15,B17,B19,B36,B57,B59,B64,B74,B76,B87,B97,C1,C15,C28,C49,C51,C57,C67,C8,C81,D1,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951112.1
TCTACCATTAGAGCTTCTCATCACTCCCAATCCCAACCATCTTTCTCTCTCTCTCAAAAAAAAACAAAATGGATTCTCAAACTGTCTCTTCCTCTTTCAGTCTTGAGCTGAGAATAGTAAGGGCAAGAAACGTTTTTGTGAAAACATGTAGACAAGTTTTTGTGAGATGCTATATCTCTACAGCAAGCAACAAAAGAATAAGAATAGACAGCCAAGAAATCTCATCAGATTCCAACATGACTTGGAATCAAACATTTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021821
ATGGATTCTCAAACTGTCTCTTCCTCTTTCAGTCTTGAGCTGAGAATAGTAAGGGCAAGAAACGTTTTTGTGAAAACATGTAGACAAGTTTTTGTGAGATGCTATATCTCTACAGCAAGCAACAAAAGAATAAGAATAGACAGCCAAGAAATCTCATCAGATTCCAACATGACTTGGAATCAAACATTTTCACTAAACTGCTCTGGCACTCCCGAAACCATGAGATCCCTCAAGCAAGGAACCATTGTTTTCGAGCTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807095.1
MDSQTVSSSFSLELRIVRARNVFVKTCRQVFVRCYISTASNKRIRIDSQEISSDSNMTWNQTFSLNCSGTPETMRSLKQGTIVFELRSRSAATLISRMSGSKLVARAEMPWKDVVGVPVHEKWVVMTAKNSYVYNDEVKPPGIQIATKVEEIAELKTTKAYNCGCMDCGCNYCVDYDFFALGAAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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