Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002722`

染色体: Chr04 坐标: 42833956-42836405 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002722`
名称	SmilChr04G002722
描述	annexin D2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	42833956 - 42836405 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021824`
GeneID	`131021824`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021824`
原始查询	`SmilChr04G002722`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	annexin D2-like
产物	annexin D2-like
Arabidopsis	`AT5G65020` (ANNAT2) annexin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836626] identity=66.6; qcov=0.868; evalue=4.63e-157; confidence=high
Rice	`Os06g0221200` (OsANN5) - identity=63.1; qcov=0.868; evalue=4.02e-137; confidence=high
GO	GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005544 (calcium-dependent phospholipid binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol)
KEGG	-
Pfam	PF00191 (Annexin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021824

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057807097.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057807097.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057807097.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807097.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807097.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:42834191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr4:42834253`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B38,C21
`Chr4:42834253`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B38,C21
`Chr4:42834620`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C11,C69
`Chr4:42834668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:42834697`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:42835129`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr4:42835435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,B99
`Chr4:42836095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr4:42836133`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B25
`Chr4:42836133`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B25
`Chr4:42836262`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B100,B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807097.1

365 aa

182

365

Annexin

PF00191 Annexin 65-128 aa PF00191 Annexin 136-201 aa PF00191 Annexin 220-281 aa PF00191 Annexin 294-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807097.1`	Pfam	`PF00191`	Annexin	Domain	65	128	1.6e-74	246.6	Annexin
`XP_057807097.1`	Pfam	`PF00191`	Annexin	Domain	136	201	1.6e-74	246.6	Annexin
`XP_057807097.1`	Pfam	`PF00191`	Annexin	Domain	220	281	1.6e-74	246.6	Annexin
`XP_057807097.1`	Pfam	`PF00191`	Annexin	Domain	294	359	1.6e-74	246.6	Annexin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951114.1
AGGATGATCTACAATACAAATATAGGCAATCTAGATCAACTAATACGAGATCAAAAGAAGATGTATTCGATTTAAAATATGAAACGAGATTGTAACAGAGAATGAGAATCACGTTTGCATCTCTGTCAGTGTCGTGCATTGAATGAGCTTTTGCTATCTTTTTCCCATAATAACGCCAACTACATGCTCTTACTTTCAGCTTTATAAATTTCGCCATTTCGTCTCACCTACTGCAATATCTTCTTCTTCTTCTTCTGTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021824
ATGAGCTTTTGCTATCTTTTTCCCATAATAACGCCAACTACATGCTCTTACTTTCAGCTTTATAAATTTCGCCATTTCGTCTCACCTACTGCAATATCTTCTTCTTCTTCTTCTGTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGCGCAATGGCAACTCTCAAAGTACCCGTAAATGTTCCCGCTCCGGAAGAGGATGCTGAGCAGCTCAGAAAAGCTTTTGTTGGATTGGGGACAGACGAGGAGACGATAGTGAAGATTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807097.1
MSFCYLFPIITPTTCSYFQLYKFRHFVSPTAISSSSSSVRERERERKSAMATLKVPVNVPAPEEDAEQLRKAFVGLGTDEETIVKILAHRNAAQRRLIHEAYAAAYGEDLLKGLEKELSGDFLRALVVWTVDPAERDARLANEATKMLTASNFVLMEIGCTRPSYHLFKVRETYHLLYKKSLEEDVAHHTSGDFRKLLVPLVSAFRYEGDETNMTLAKSEAKILHEKISGKTYGDEEIIRILTTRSKAQLNATLNHYNDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器