Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002730`

染色体: Chr04 坐标: 42929143-42938404 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002730`
名称	SmilChr04G002730
描述	calmodulin-binding transcription activator 1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	42929143 - 42938404 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021831`
GeneID	`131021831`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021831`
原始查询	`SmilChr04G002730`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	calmodulin-binding transcription activator 1
产物	calmodulin-binding transcription activator 1
Arabidopsis	`AT5G64220` (AT5G64220) Calmodulin-binding transcription activator protein with CG-1 and Ankyrin domain [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836543] identity=48.1; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0191000` - identity=55.7; qcov=0.611; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG	-
Pfam	PF00023 (Ank); PF00612 (IQ); PF03859 (CG-1); PF12796 (Ank_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021831

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057807108.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057807108.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057807108.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807108.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807108.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:42931152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C59,C84,C86,D4
`Chr4:42931416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr4:42931436`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C4
`Chr4:42931778`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:42934742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:42934968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B27
`Chr4:42935548`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:42935765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B125,B90,B92,C87
`Chr4:42935916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:42936470`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr4:42936470`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125
`Chr4:42936479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B118

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807108.1

1099 aa

550

1099

CG-1

Ank_2

Ank

PF03859 CG-1 21-134 aa PF12796 Ank_2 726-816 aa PF00023 Ank 754-783 aa PF00612 IQ 927-946 aa PF00612 IQ 952-970 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807108.1`	Pfam	`PF03859`	CG-1	Domain	21	134	2e-51	173.3	CG-1 domain
`XP_057807108.1`	Pfam	`PF12796`	Ank_2	Repeat	726	816	1.2e-10	42.5	Ankyrin repeats (3 copies)
`XP_057807108.1`	Pfam	`PF00023`	Ank	Repeat	754	783	7.8e-08	32.9	Ankyrin repeat
`XP_057807108.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	927	946	2.8e-08	33.5	IQ calmodulin-binding motif
`XP_057807108.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	952	970	2.8e-08	33.5	IQ calmodulin-binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951125.1
CTTTCCACTCTTACTTTCTTCGCTGCTTCCTCACACACACCCCCCCTTTTCCTCTCTGTTTTTAACTCTGTTTTAACTATTTCCCTACCTTTTTACTTTTCTTTTTTCAATCTTTTTCTTCCTCGATTTCAATATCCTCCACCTTTATTCATGGGAGTTTCAATTGATGTTTGATGAATTTTTTGAGGGCTAAGTGAATCACTGATTATATTTGCTGCGAATTGGGAGACTGTTTTGTGGCTGCTTTCGATCTGGAGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021831
ATGGCCGAGAGTCGGCGCTACGCGCTCAATGCTCAATTAGATATTGAGCAGATACTTCTGGAAGCACAACATCGCTGGCTGCGACCTGCTGAGATTTGTGAAATTCTTCAGAATTACAAGAAATTTCGTATTGCTCCAGAGCCTCCCAATAGACCCCCAAATGGTTCTCTCTTTCTTTTTGACCGGAAGGTGCTGAGGTATTTCCGGAAAGATGGTCATAACTGGAGGAAGAAGAAGGATGGGAAAACAGTGAAGGAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807108.1
MAESRRYALNAQLDIEQILLEAQHRWLRPAEICEILQNYKKFRIAPEPPNRPPNGSLFLFDRKVLRYFRKDGHNWRKKKDGKTVKEAHERLKAGSVDVLHCYYAHGEDNENFQRRSYWMLEEELSHIVLVHYREVKGNRTNYNRIRDADSIPASRQSEDVSNSEVDSSAASRFQSYDYQRASPITDTTSHNSTLASDLEDAESAYRHPGFQTIHDLQSPIVPTTDAGPIPYHPIPVSSNYQGQSSAIPGMSFGPITQGEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器