当前解析结果
SmilChr04G002731| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002731 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002731 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002731 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 42944344 - 42953394 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023474 |
|---|---|
| GeneID | 131023474 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023474 |
| 原始查询 | SmilChr04G002731 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G43760 (AT1G43760)DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=26.9; qcov=0.304; evalue=4.88e-42; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=28.5; qcov=0.61; evalue=1.44e-101; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT); PF14529 (Exo_endo_phos_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023474 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808999.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808999.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057808999.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808999.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808999.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:42944352 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,B3,B84,C13,C20 |
Chr4:42944372 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B139,C18,C27 |
Chr4:42944447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr4:42944470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,B115 |
Chr4:42944475 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr4:42944589 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B121,C39 |
Chr4:42944589 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,C39 |
Chr4:42944597 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,C51 |
Chr4:42944611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr4:42944639 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr4:42944643 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,B112,B89,C63 |
Chr4:42944644 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C77,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808999.1PF14529
Exo_endo_phos_2 114-213 aa
PF00078
RVT_1 492-751 aa
PF13966
zf-RVT 1005-1087 aa
PF13456
RVT_3 1215-1293 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808999.1 |
Pfam | PF14529 |
Exo_endo_phos_2 | Domain | 114 | 213 | 3.4e-07 | 30.8 | Endonuclease-reverse transcriptase |
XP_057808999.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 492 | 751 | 2.6e-30 | 106.5 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808999.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 1005 | 1087 | 3.4e-17 | 63.6 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057808999.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1215 | 1293 | 7.1e-10 | 39.6 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。