Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002749`

染色体: Chr04 坐标: 43164900-43167059 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002749`
名称	SmilChr04G002749
描述	serine/threonine-protein kinase SAPK2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43164900 - 43167059 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021847`
GeneID	`131021847`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021847`
原始查询	`SmilChr04G002749`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase SAPK2-like
产物	serine/threonine-protein kinase SAPK2-like
Arabidopsis	`AT4G33950` (OST1) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829541] identity=73.8; qcov=0.939; evalue=5.27e-180; confidence=high
Rice	`Os03g0390200` (SAPK1) - identity=76.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057807149.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057807149.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057807149.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807149.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807149.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43165459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C11,C69
`Chr4:43165471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B117,B35,B55
`Chr4:43165482`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr4:43165534`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,C11,C58,C69
`Chr4:43165870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B117,B55,C23
`Chr4:43166559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B34,B36
`Chr4:43166717`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B33
`Chr4:43166717`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807149.1

342 aa

171

342

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 4-260 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-256 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807149.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	4	260	4.7e-75	253.1	Protein kinase domain
`XP_057807149.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	6	256	3e-31	109.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951166.1
AACAATGGGCCTAGCTTTGGAGTTTGAAGTTTGCAAAACTTGCGAAATTCATCGTATGACACCTCCATATAGAGAGAGAGAGAGATTGCTTATTACTTTCAACACCACATTTTCTCATGCAATTGCTAGCTGCTACCCACCCACCCACTTCATCCAGCAAATTCAAGAATATATATACAATTATATATATGCATCATTGATCTTGCTGATTTAGGGTCTGGAAATGGAAAGATATGAAATCGTGAAAGATTTAGGGTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021847
ATGGAAAGATATGAAATCGTGAAAGATTTAGGGTCTGGAAATTTTGGTGTTGCGAAGCTTGTTCGAGATAAATGGAGCGGTGAACTCTATGCAGTCAAGTTCATTGAAAGAGGAAAAAAGATTGATGAGCATGTGCAAAGGGAGATCATGAACCACAGATCCTTAAAGCATCCAAATATAATTAGATTCAAGGAGGTGTTGCTGACACCAACTCACCTAGCCATTGTGATGGAATATGCTGCCGGCGGCGAACTCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807149.1
MERYEIVKDLGSGNFGVAKLVRDKWSGELYAVKFIERGKKIDEHVQREIMNHRSLKHPNIIRFKEVLLTPTHLAIVMEYAAGGELFDRICNAGRFSEDEARFFFQQLISGVSYCHSMQICHRDLKLENTLLDGSPAPRLKICDFGYSKSSVFHSQPKSTVGTPAYIAPEVLSRKEYDGKIADVWSCGVTLYVMLVGAYPFEDSDDPRNFKKTINKILSVHYSIPDYVRVSKECRHLLSRIFVADPNKRITISEMKKHPWF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器