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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002758`

染色体: Chr04 坐标: 43325801-43326987 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002758`
名称	SmilChr04G002758
描述	uncharacterized SmilChr04G002758
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43325801 - 43326987 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023477`
GeneID	`131023477`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023477`
原始查询	`SmilChr04G002758`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0967700; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os01g0967700; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=29.9; qcov=0.411; evalue=7.66e-11; confidence=low
Rice	`Os01g0967700` - identity=34.2; qcov=0.465; evalue=2.27e-17; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023477

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057809003.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809003.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057809003.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809003.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809003.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43325808`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B120,B58,B62
`Chr4:43325822`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	75	A13,A19,A2,A20,B10,B100,B109,B11,B129,B130,B131,B138,B140,B15,B2,B23,B25,B28,B30,B34,B35,B36,B47,B5,B53,B56,B63,B65,B70,B72,B74,B75,B76,B77,B8,B82,B84,B85,B86,B87,B96,B99,C12,C14,C15,C16,C18,C2,C21,C26,C27,C30,C34,C38,C43,C47,C53,C54,C56,C57,C60,C65,C73,C74,C75,C77,C78,C79,C8,C82,D1,D11,D6,D8,D9
`Chr4:43325845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr4:43325889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:43325909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr4:43325920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr4:43325949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,C46
`Chr4:43326001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr4:43326007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B77,B94,C44
`Chr4:43326044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr4:43326103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B9,C69
`Chr4:43326115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809003.1

333 aa

166

333

zf-RVT

RVT_3

PF13966 zf-RVT 49-138 aa PF13456 RVT_3 185-306 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809003.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	49	138	9.1e-16	59.0	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057809003.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	185	306	2.2e-16	60.6	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953020.1
ATGCTTGCCGGGGCCCAGGCTTGGGACGTTGGTCTTCTGAATACTATCTTCAGCAGCAACGACATTCGTGATATCATTAGTATCCCGCTGCCCTCTCACCCAACTCCGGACTCTTTGATTTGGCACTACTTCAAAAATGGCCTTTACTCGGTTAAGTCAGCATACAAATTGGCTAGCTCGCTCACCATCGATGAAACTTTTAAAGTCGAGGGTCACTGGAACAAGCTTTGGAAGGTTGACGTCCCTCCGAAGGTTCGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023477
ATGCTTGCCGGGGCCCAGGCTTGGGACGTTGGTCTTCTGAATACTATCTTCAGCAGCAACGACATTCGTGATATCATTAGTATCCCGCTGCCCTCTCACCCAACTCCGGACTCTTTGATTTGGCACTACTTCAAAAATGGCCTTTACTCGGTTAAGTCAGCATACAAATTGGCTAGCTCGCTCACCATCGATGAAACTTTTAAAGTCGAGGGTCACTGGAACAAGCTTTGGAAGGTTGACGTCCCTCCGAAGGTTCGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809003.1
MLAGAQAWDVGLLNTIFSSNDIRDIISIPLPSHPTPDSLIWHYFKNGLYSVKSAYKLASSLTIDETFKVEGHWNKLWKVDVPPKVRNFLWRAARHNLPTKENFLSRGVSVGGEYATYRARFENPWHIFFACPFAEECWLAISLPPLRPSQIAVTLLLLRCSGLLRSKMRIARQLCIQAGSILCGVDAAFFREDDAMGLGLVIRNHAGDFMIGKSIKVAGVRSVDEGELMGIKEALSWIKEQGLVHGIVESDSKRAIDVIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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