Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002764`

染色体: Chr04 坐标: 43403418-43406822 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002764`
名称	SmilChr04G002764
描述	kinase-interacting protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43403418 - 43406822 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021861`
GeneID	`131021861`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021861`
原始查询	`SmilChr04G002764`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	kinase-interacting protein 1-like
产物	kinase-interacting protein 1-like
Arabidopsis	`AT2G22560` (NET2D) Kinase interacting (KIP1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816788] identity=42.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os05g0466200` - identity=40.2; qcov=0.494; evalue=6.7e-97; confidence=medium
GO	GO:0003779 (actin binding)
KEGG	-
Pfam	PF07765 (KIP1); PF24918 (NET2A_C); PF25014 (NET2A)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell projection	细胞突起	0.80000	`XP_057807165.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057807165.1`
3	Cytoskeleton	细胞骨架	0.60000	`XP_057807165.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057807165.1`
5	Cilium	纤毛	0.60000	`XP_057807165.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43403943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:43403961`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B31,B59
`Chr4:43404231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:43404267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr4:43404424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr4:43404474`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B4,B54,C12,C15
`Chr4:43404493`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B20,B24,D10
`Chr4:43404810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C6
`Chr4:43404827`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr4:43404827`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr4:43404920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B53,B67
`Chr4:43405203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B59,C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807165.1

982 aa

491

982

KIP1

NET2A

NET2A_C

PF07765 KIP1 11-84 aa PF25014 NET2A 235-460 aa PF24918 NET2A_C 757-930 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807165.1`	Pfam	`PF07765`	KIP1	Family	11	84	7.2e-35	119.7	KIP1-like protein
`XP_057807165.1`	Pfam	`PF25014`	NET2A	Domain	235	460	6e-73	246.3	NET2A-like domain
`XP_057807165.1`	Pfam	`PF24918`	NET2A_C	Domain	757	930	1.3e-74	250.6	NET2A, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951182.1
GAGAAGACCTCGTAAACCAAGAATAGCGCATCGTTGTGTGTTTGTTGCAAGAGAAAATATAGAATCTGAGTTGTTGTTCAAACTCTCACACTCCTATCATCTATTACAATCTCAAGTGTGTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAAGCACCACAAGAATAACAGTATGAGTATGCAAAAGATTTAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGATGTTGCAGAGAGCGGCGAGCAACGCCTGTTCGTGGTGGTGGGCCAGCCACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021861
ATGTTGCAGAGAGCGGCGAGCAACGCCTGTTCGTGGTGGTGGGCCAGCCACATCCGCACCAAGCAATCTAAATGGCTGGAACAGAGCATGCAGGACATGGAGGAGAAGGTGCACAGCATGCTGAAGCTGATCGAGGAGGAGGGCGATTCCTTCGCGAAGCGGGCGGAGATGTACTACAAGCGGCGGCCGGAGCTGATCGAGGCGGTGGAGGACTCGTACCGAGCATTCAAGGCGCTGGCCGACCGATACGACATGCTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807165.1
MLQRAASNACSWWWASHIRTKQSKWLEQSMQDMEEKVHSMLKLIEEEGDSFAKRAEMYYKRRPELIEAVEDSYRAFKALADRYDMLSKELQNANNTIATVFPEQVQLAMEAEDECPTPTPKPLKNVPAKSTNVPKVPKASMDTLKGFLNNASKQFQPKKTFSKTSSKSKQPRPKPLPRSGMSKEEALLEIDKVNKEILALQTVKEFCKSSYENGLAKFYEIDNQIMEMQDKVSKLQDEYEVEAVIEDGEARTLMAEAALK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器