Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002778`

染色体: Chr04 坐标: 43585741-43586763 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002778`
名称	SmilChr04G002778
描述	proteasome subunit beta type-1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43585741 - 43586763 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021873`
GeneID	`131021873`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021873`
原始查询	`SmilChr04G002778`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proteasome subunit beta type-1-like
产物	proteasome subunit beta type-1-like
Arabidopsis	`AT3G60820` (PBF1) N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825253] identity=83; qcov=1; evalue=2.29e-82; confidence=high
Rice	`Os09g0505600` (OsPBF1) - identity=82.2; qcov=1; evalue=4.87e-82; confidence=high
GO	GO:0005839 (proteasome core complex); GO:0051603 (GO:0051603)
KEGG	smil03050 (Proteasome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00227 (Proteasome)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021873

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057807180.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057807180.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057807180.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807180.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807180.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43585892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B20,D10
`Chr4:43585945`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,C24
`Chr4:43586418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A1,B112,B67,B77,C81
`Chr4:43586418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B112,B67,B77,C81
`Chr4:43586466`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A4,B17,B5,B53,B59,B79,B83,B85,C58,C62,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807180.1

135 aa

135

Proteasome

PF00227 Proteasome 5-119 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807180.1`	Pfam	`PF00227`	Proteasome	Domain	5	119	3.8e-12	47.0	Proteasome subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951197.1
TTATTTTTTCCTTTGCTATAGCTTTATCAACACCAGCATAACAAGCAAATGAGCTGCCCTGCAATGGCTCAGTTGCTTTCTAATACCCTCTACTTCAAACGTTTCTTCCCATACTATGCTTTCAATGTCTTGGGGGGCCTTGACAGTGAGGGAAAGGGCTGTGTGTTCACATATGATGCTGTCAGATCTTACGAACGGGTGGGATACAGTGCCCAAGGTTCTGGTGCAACTCTTATCACACCCTTCTTGGACAACCAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021873
ATGAGCTGCCCTGCAATGGCTCAGTTGCTTTCTAATACCCTCTACTTCAAACGTTTCTTCCCATACTATGCTTTCAATGTCTTGGGGGGCCTTGACAGTGAGGGAAAGGGCTGTGTGTTCACATATGATGCTGTCAGATCTTACGAACGGGTGGGATACAGTGCCCAAGGTTCTGGTGCAACTCTTATCACACCCTTCTTGGACAACCAACTGAAATCTCCAAGTCCTCTTTTGTTGCCTGCAAAGGACGCAGTGACTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807180.1
MSCPAMAQLLSNTLYFKRFFPYYAFNVLGGLDSEGKGCVFTYDAVRSYERVGYSAQGSGATLITPFLDNQLKSPSPLLLPAKDAVTPLSEVEAIDLVKTCFVSATERDIYTGDKVEMLVLNASGLRREFMDLRKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器