当前解析结果
SmilChr04G002786| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002786 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002786 |
| 描述 | transcription factor MYB20-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 43681286 - 43683035 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021880 |
|---|---|
| GeneID | 131021880 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021880 |
| 原始查询 | SmilChr04G002786 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB20-like |
| 产物 | transcription factor MYB20-like |
| Arabidopsis | AT1G66230 (MYB20)myb domain protein 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842938] identity=58.6; qcov=0.972; evalue=5.86e-98; confidence=high |
| Rice | Os09g0401000 (OsMyb10)- identity=68.7; qcov=0.677; evalue=8.63e-89; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021880 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057807189.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807189.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807189.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057807189.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057807189.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:43681531 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C16,D10,D3,D7 |
Chr4:43681682 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:43681722 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A22,B120,B125,B26,B52,B62,B90,B92,C31,C49,C87 |
Chr4:43681732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B104,B31,C56,C58 |
Chr4:43681878 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B139,B17,B64 |
Chr4:43681878 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B139,B17,B64 |
Chr4:43682072 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr4:43682072 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:43682073 |
A |
AGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr4:43682073 |
A |
AGC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:43682739 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807189.1PF00249
Myb_DNA-binding 14-61 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 17-74 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 71-111 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 72-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807189.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 14 | 61 | 6.3e-33 | 113.4 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057807189.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 17 | 74 | 7.8e-18 | 65.1 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057807189.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 71 | 111 | 6.3e-33 | 113.4 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057807189.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 72 | 118 | 7.8e-18 | 65.1 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。