Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002787`

染色体: Chr04 坐标: 43725659-43730193 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002787`
名称	SmilChr04G002787
描述	uncharacterized SmilChr04G002787
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43725659 - 43730193 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021881`
GeneID	`131021881`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021881`
原始查询	`SmilChr04G002787`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831523]; symbol=AT5G16610; hit=AT5G16610; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831523]; symbol=AT5G16610; hit=AT5G16610; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G16610` (AT5G16610) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831523] identity=59.8; qcov=0.583; evalue=3.3e-133; confidence=medium
Rice	`Os03g0221300` (ONAC057) - identity=68.1; qcov=0.462; evalue=7.67e-127; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807190.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807190.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807190.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807190.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807190.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43726498`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr4:43728176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B128,B2,C62,D2
`Chr4:43728584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:43729576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B131,B56,B96,C45
`Chr4:43729660`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	24	A15,B115,B117,B122,B133,B137,B16,B24,B32,B36,B41,B50,B68,B71,B82,B99,C25,C32,C34,C37,C43,C48,C61,C68
`Chr4:43729663`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	24	A15,B115,B117,B122,B133,B137,B16,B24,B32,B36,B41,B50,B68,B71,B82,B99,C25,C32,C34,C37,C43,C48,C61,C68
`Chr4:43729905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B117
`Chr4:43729931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:43729938`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,C24,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951207.1
TGGGTTTCGGAATCTCTGTCGTCTCACACACTGCCCGCCAACTGATTGTACTCTCTCCGTCTCTCCCACGCACAACCGCGCGGGTGTACCAAAAACCCTAGGTTGTTTCCCTATTACTTTTTCTACAACAACTCTATTAAGATGGCCTTTCGAGAAGCTTTGTAGCTGCGGAGTCCGTCGCTTGATATTTACGATTATGGCTCACTCTGAAATCCTTTCAAAAAACGGCGCTCAAAAGACGGAGTGGTCGGAGGAGTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021881
ATGGCTCACTCTGAAATCCTTTCAAAAAACGGCGCTCAAAAGACGGAGTGGTCGGAGGAGTTCGAGCGCATGCCCCTCAAACAGCGCCTCAAGTTGCTGTTCGCGAGCAATCGCATCTCCGTCGACTCGGAATTGAAATCTGAGCAACTTCAGAACAAATGCCATTTGGGAGATTTTAACCATGAAAAGGACTCTGAACATAAGTGCGTGAAATCAAGTCATGTTCCTGCTGCTGGAGTATCTGAGAAAGGTGGTTCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807190.1
MAHSEILSKNGAQKTEWSEEFERMPLKQRLKLLFASNRISVDSELKSEQLQNKCHLGDFNHEKDSEHKCVKSSHVPAAGVSEKGGSVGRSSLQESLVVENPIKVKTEDGENGVESCLGACMNISNGVGIEAETRLEFLDELDHVVLKERLRRLVASESLGLSSPVLEASCYLSGDSRIVQTPHIPSLANVKVEPPNPDEFRSSNVSTVDQMSYSNFVLVKAEVQTAGDAHEDDLDHMLLRERMKLLSSRNAPSLNTDQSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器