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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002791`

染色体: Chr04 坐标: 43793632-43794917 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002791`
名称	SmilChr04G002791
描述	HMG-Y-related protein A-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43793632 - 43794917 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021885`
GeneID	`131021885`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021885`
原始查询	`SmilChr04G002791`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	HMG-Y-related protein A-like
产物	HMG-Y-related protein A-like
Arabidopsis	`AT1G14900` (HMGA) high mobility group A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838055] identity=50; qcov=0.81; evalue=1.16e-33; confidence=medium
Rice	`Os08g0428800` (P0479C08.106) - identity=59.6; qcov=0.595; evalue=1.17e-28; confidence=medium
GO	GO:0000785 (chromatin); GO:0000786 (nucleosome); GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0030261 (chromosome condensation); GO:0031492 (nucleosomal DNA binding); GO:0045910 (negative regulation of DNA recombination)
KEGG	-
Pfam	PF00538 (Linker_histone)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807194.1`
2	Nucleolus	核仁	0.40000	`XP_057807194.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807194.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807194.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807194.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43793818`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C67
`Chr4:43793818`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr4:43793857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:43793858`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C20,C35,C55,D10
`Chr4:43793864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C67
`Chr4:43793876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,A7,C27,C68
`Chr4:43793878`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr4:43793891`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr4:43793894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C20,C35,C55,D10
`Chr4:43793940`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	50	A10,A14,A3,A6,B10,B101,B11,B111,B117,B118,B120,B129,B137,B139,B15,B2,B23,B32,B34,B36,B40,B53,B62,B86,B89,B91,B98,C10,C12,C14,C16,C17,C26,C29,C31,C33,C34,C38,C42,C43,C5,C60,C63,C71,C72,C80,C83,C9,D3,D5
`Chr4:43793960`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B136
`Chr4:43793960`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807194.1

158 aa

158

Linker_histone

PF00538 Linker_histone 13-74 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807194.1`	Pfam	`PF00538`	Linker_histone	Domain	13	74	3e-10	40.9	linker histone H1 and H5 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951211.1
TTTCATGATTCCATCTAATCCTTCCCTGTCTGTCTCTCTATCTCTCTCTCTAAAATAAAATCCTTTTTCTTTTCACTGCGAAGCTGACCGCCTGACCCCTAGCTTGTGAGTGAGAGTTCCCTTCTCGTGGATTTCTCTCTCTATCTTTTTTCCGTATTGTCCTTTTCCTTTCCTGTGTTTCTCTCTCCACACTGTTATCACACACCTCAGCTTCAATGGCTACTGAAGAGCTCACCAAACCTTCCTCTCTCCCCCCTTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021885
ATGGCTACTGAAGAGCTCACCAAACCTTCCTCTCTCCCCCCTTACCCACAGATGATTATGGAAGCAATAGATGCAGTGAAAGAAGCGGATGGTGCAAACAAGTCAACAATATCGAAATACATGGAGTCCAAGTACGGTGAATTGGGCGGAACACATACTGATTTGCTGAACCATCACCTAACCGCCATGAAAGACAGCGGCGAGCTTGTGTTTGTGAAGAACAATTACCTCCGGCCGAGCTCCGATGCTCCTCCGAAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807194.1
MATEELTKPSSLPPYPQMIMEAIDAVKEADGANKSTISKYMESKYGELGGTHTDLLNHHLTAMKDSGELVFVKNNYLRPSSDAPPKRGRGRPPKPKDAQAAVVAPSPSPRPRGRPKKDPNAPPAAKKAKSSAPAAAPPSGRPRGRPKKVQPLQNGVEA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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