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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002792

染色体: Chr04 坐标: 43799604-43801295 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002792
名称SmilChr04G002792
描述myosin-binding protein 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向43799604 - 43801295 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021887
GeneID131021887
locus_tag-
NCBI NameLOC131021887
原始查询SmilChr04G002792

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-binding protein 2-like
产物myosin-binding protein 2-like
ArabidopsisAT1G74830 (AT1G74830)
myosin-binding protein, putative (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843822]
identity=26.8; qcov=1.19; evalue=1.04e-39; confidence=low
RiceOs03g0259900
-
identity=65.1; qcov=0.191; evalue=2.67e-25; confidence=weak
GOGO:0017022 (myosin binding)
KEGG-
PfamPF04576 (Zein-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021887

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057807195.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057807195.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057807195.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057807195.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807195.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:43799882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr4:43799947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B53,B74,B78,C45,C82
Chr4:43799956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C58
Chr4:43799970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr4:43799973 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 46 A9,B111,B119,B12,B120,B123,B124,B125,B134,B135,B136,B14,B21,B25,B3,B4,B41,B55,B60,B61,B62,B63,B76,B77,B90,B92,B94,B95,B98,B99,C14,C16,C17,C2,C22,C24,C29,C31,C33,C47,C5,C72,C87,D2,D4,D8
Chr4:43800168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:43800174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr4:43800187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B113,B60
Chr4:43800199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B114,B117,D11
Chr4:43800208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B114,B117,D11
Chr4:43800227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr4:43800248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B114,B117,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807195.1
451 aa
N
1
226
451
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 265-339 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807195.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 265 339 1.6e-26 93.1 Zein-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951212.1
ATAATTGTTATTTTAATGAAAATGAAAACTACCGCATATCTTTTAATGCGATTACCTAAATTTCCTCCATTCCACAAAGGGCAGCTTTTCATTGTGTGTCTCACAGAGAAAAATCGATGGCGGGCAACAAGTTTGCAAGCATGCTGCACAAAAACTGCCCAAGAATTATAGTGATTCTAGTGTATGCACTTCTTGAATGGATCCTAATACTCCTCCTCCTCATCAACTCCTTCTTCTCACATCTCATTGCAAAGTTTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021887
ATGGCGGGCAACAAGTTTGCAAGCATGCTGCACAAAAACTGCCCAAGAATTATAGTGATTCTAGTGTATGCACTTCTTGAATGGATCCTAATACTCCTCCTCCTCATCAACTCCTTCTTCTCACATCTCATTGCAAAGTTTGCGAAATTCTTTGGCCTTAAACCATCGTGCACATGGTGCTCCACACTTTCCAACTCCAAAAGAAATCCTCATTTTGATCATGTTTGTGAGGCACATGGCGCCCAGATAAGCAACCTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807195.1
MAGNKFASMLHKNCPRIIVILVYALLEWILILLLLINSFFSHLIAKFAKFFGLKPSCTWCSTLSNSKRNPHFDHVCEAHGAQISNLRFCSAHNKLADSHHLCTRCSPALAFFTGMSMSESENASPQGGDCRCWCCDDQILTTSLYPHQSLIFKPTWDFLLEYVDKHKLQSEANLVKKEIDDVGKKAEIVEDSNLEVQEWDSSQTTDDPSSLGCNEDVYIADMNAELMDYDRFICIELIDTDAVALTLTNTSQQGIGSNRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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